Bio :: Tools :: IPCRESS BIO :: TOOLS :: IPCRESS IS EEN PERL-module die iPCRESS-OUTPUT kan ontleden en functies kunnen maken.
Download nu

Bio :: Tools :: IPCRESS Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: IPCRESS Tags

Perl-module perl klas bio IPCRESS PARDER iPcress-tools

Bio :: Tools :: IPCRESS Beschrijving

BIO :: TOOLS :: IPCRESS IS EEN PERL-MODULE DIE IPCRESS-OUTPUT OUT OM TE KRIJGEN EN FUNCTIES MAKEN. Bio :: Tools :: IPCRESS IS EEN PERL-module die iPCRESS-uitvoer kan parseren en functies maken.Synopsis # Een eenvoudige annotatie pijpleiding wrapper voor IPCRESS-gegevens # Aangenomen van IPCRESS-gegevens is al gegenereerd in bestand SEQ1.ipcress # en sequentiegegevens zijn in FASTA-formaat In bestand genaamd SEQ1.FA Gebruik Bio :: Tools :: IPCRESS; Gebruik BIO :: SEQIO; Mijn $ Parser = Nieuwe Bio :: Tools :: IPCRESS (-FILE => 'SEQ1.ipcress'); My $ SEQIO = NIEUWE BIO :: SEQIO (-Format => FASTA ', -FILE => SEQ1.FA'); Mijn $ SEQ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ || sterven ("kan geen SEEQ-object krijgen van SEQIO"); Terwijl (mijn $ feat = $ Parser-> next_feature) {# Voeg annotatie van het annotatie toe aan een sequentie $ seq-> add_seqfeature ($ feat); } My $ SEQOUT = NIEUW BIO :: SEQIO (-FORMATION => 'EMBL'); $ SEQOUT-> Write_SEQ ($ SEQ); dit object dient als parser voor iPCRESS-gegevens, waardoor een BIO :: SEQFEATUREI is gemaakt voor elke iPCRESS-hit. Deze kunnen worden verwerkt of toegevoegd als annotatie naar een bestaand bio :: SEQI-object voor de geautomatiseerde annotatie. Deze module is aangepast van de Bio :: Tools :: EPCR-module geschreven door Jason Stajich (Jason-at-bioperl.org) .Ipcress is verkrijgbaar via Guy Slater's exonerate pakket http://www.ebi.ac.uk/~guy/exoneer/-vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: IPCRESS Gerelateerde software