Bio :: Tools :: ISPCR BIO :: TOOLS: ISPCR is een PERL-module die de ISPCR-uitvoer kan vermijden en functies kunnen maken.
Download nu

Bio :: Tools :: ISPCR Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: ISPCR Tags

Perl-module perl klas bio isPcr parser isPcr gereedschap

Bio :: Tools :: ISPCR Beschrijving

BIO :: TOOLS: ISPCR is een PERL-module die de ISPCR-uitvoer kan vermijden en functies kunnen maken. BIO :: TOOLS: ISPCR is een PERL-module die de ISPCR-uitvoer kan ontleden en functies maken. Synopsis # Een eenvoudige annotatie pijpleiding wrapper voor ISPCR-gegevens # Aangenomen van ISPCR-gegevens is al gegenereerd in bestand SEQ1.PCR # en sequentiegegevens zijn in Fasta-formaat In Bestand genaamd SEQ1.FA # Opmerking: deze parser is bedoeld voor de standaard fasta-uitvoer van # ISPCR. Bed en PSL-uitgangsindelingen worden niet ondersteund. Gebruik BIO :: TOOLS :: ISPCR; Gebruik BIO :: SEQIO; My $ Parser = Nieuwe Bio :: Tools :: ISPCR (-File => 'SEQ11ISTCR'); My $ SEQIO = NIEUWE BIO :: SEQIO (-Format => FASTA ', -FILE => SEQ1.FA'); Mijn $ SEQ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ || sterven ("kan geen SEEQ-object krijgen van SEQIO"); Terwijl (mijn $ feat = $ Parser-> Next_Feature) {# Voeg ISPCR-annotatie toe aan een sequentie $ SEQ-> ADD_SEQFEATURE ($ FEAT); } My $ SEQOUT = NIEUW BIO :: SEQIO (-FORMATION => 'EMBL'); $ SEQOUT-> Write_SEQ ($ SEQ); Dit object dient als parser voor ISPCR-gegevens (in het standaard FASTA-formaat), waardoor een BIO :: SEQFEATUREI voor elke ISPCR-hit wordt gemaakt. Deze kunnen worden verwerkt of toegevoegd als annotatie naar een bestaand bio :: SEQI-object voor de geautomatiseerde annotatie. Deze module is aangepast van de Bio :: Tools :: EPCR-module geschreven door Jason Stajich (Jason-at-bioperl.org) . Vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: ISPCR Gerelateerde software