Bio :: Tools :: Run :: Analyse BIO :: TOOLS :: RUN :: Analyse is een PERL-module die een (externe of lokale) analyse-tool vertegenwoordigt.
Download nu

Bio :: Tools :: Run :: Analyse Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: Run :: Analyse Tags

Perl-module perl analys analyse tool bioperl Bioperl-klasse

Bio :: Tools :: Run :: Analyse Beschrijving

Bio :: Tools :: RUN :: Analyse is een PERL-module die een (externe of lokale) analyse-tool vertegenwoordigt. BIO :: TOOLS :: RUN :: Analyse is een PERL-module die een (afstandsbediening of lokaal) analyse-tool.synopsis # RUN-analyse 'SEQret "vertegenwoordigt met behulp van een standaardlocatie en een standaard # Access-methode (wat betekent dat een webservice op EBI wordt gebruikt ) Gebruik bio :: Tools :: Run :: Analyse; PRINT NIEUWE BIO :: TOOLS :: RUN :: Analyse (-naam => 'Bewerken :: Seqret') -> Wait_for ({sequence_direct_data => 'tatatacgtatacga', OSFORMAT => 'EMBL'}) -> Resultaat ('Outseq '); # Voer een langere taak uit zonder te wachten op zijn voltooiing Gebruik Bio :: Tools :: Run :: Analyse; My $ Job = New Bio :: Tools :: Run :: Analyse (-Name => 'Bewerken :: SEQret') -> RUN ({sequence_direct_data => 'Tatatacgtatacga', OSFORMAT => EMBL '}); # ... en na een tijdje $ Job-> resultaat ('outseq'); # Krijg alle resultaten in dezelfde aanroep (als hash-referentie # met resultaatnamen als sleutels) - laat de module beslissen welke # resultaten binair zijn (afbeeldingen in deze voorbeelden) en sla die # in bestand (of bestanden) op. Het laat ook zien hoe te zeggen dat de module # inputgegevens van een lokaal bestand moet lezen Bio :: Tools :: RUN :: Analyse; Mijn $ resultaten = NIEUWE BIO :: TOOLS :: RUN :: Analyse (-Name => 'Uitlijning_multiple :: Stockvector) -> Wait_for ({MSF_Direct_Data =>' @ / Home / TestData / My.Seq '}) -> Resultaten ('?'); Gebruik gegevens :: Dumper; Print Dumper ($ resultaten); # Krijg namen, typen alle ingangen en resultaten, # KORT KORT EN GEDETAILLEERD (in XML) Service Beschrijving Gebruik Bio :: Tools :: Run :: Analyse; Mijn $ SERVICE = NIEUW BIO :: TOOLS :: RUN :: Analyse (-naam => 'Bewerken :: Seqret'); mijn $ HASH1 = $ SERVICE-> INPUNT_SPEC; mijn $ HASH2 = $ SERVICE-> result.Spec; mijn $ hash3 = $ service-> analyse_spec; mijn $ xml = $ service-> beschrijven; # Krijg huidige taakstatus Gebruik Bio :: Tools :: Run :: Analyse; Afdrukken Nieuwe Bio :: Tools :: Run :: Analyse (-naam => 'Bewerken :: Seqret') -> RUN ({# ... ingevoerde gegevens ...}) -> Status; # Voer een taak uit en drukt u de taak-ID af, houd de taak niet-verwoeste gebruik Bio :: Tools :: Run :: Analyse; Mijn $ Job = Nieuwe Bio :: Tools :: Run :: Analyse (-Name => 'Bewerken :: Seqret', -deorstroy_on_exit => 0) -> RUN ({sequence_direct_data => '@ / Home / TestData / MZEF. SEQ '}); Print $ Job-> ID. "N"; # ... het wordt afgedrukt (bijvoorbeeld): # Bewerken :: SEQret / C8EF56: EF535489AC: -7FF4 # ... in een andere keer, op een andere planeet, kunt u zeggen Gebruik Bio :: Tools :: Run :: Analyse; Mijn $ Job = New Bio :: Tools :: Run :: Analyse :: Job (-Name => 'Bewerken :: Seqret', -ID => 'Bewerken :: SEQret / C8EF56: EF535489AC: -7FF4'); Afdrukken ("N", $ JOCK-> -status, 'voltooid:'. $ Job-> eindigde (1), # (1) betekent 'geformatteerde' 'verstreken tijd:'. $ Job-> verstreken, $ Job-> > Last_Event, $ Job-> Resultaat ('Outseq')); # ... of je kunt dezelfde houdende module behalen # BIO :: Tools :: Run :: Analyse :: Job onzichtbaar Gebruik Bio :: Tools :: Run :: Analyse; Mijn $ Job = Nieuwe Bio :: Tools :: Run :: Analyse (-Name => 'Bewerken :: Seqret') -> Create_job ('Bewerken :: SEQret / C8EF56: EF535489AC: -7FF4'); Print Join ("N", $ Job-> Status, # ...); # ... en later kunt u deze vacatures voor job-> verwijderen; verwijderen; # # --- Zie Beschrijving voor het gebruik van Generator 'Applmaker.pl': # Vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: Run :: Analyse Gerelateerde software