Bio :: Tools :: Run :: Piseplication :: Fasta BIO :: TOOLS :: RUN :: PISEAPPLICATIE :: FASTA is een bioperl-klasse voor sequence-database-zoekopdracht.
Download nu

Bio :: Tools :: Run :: Piseplication :: Fasta Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: Run :: Piseplication :: Fasta Tags

database Perl-module Database-zoekopdracht reeks Sequence Search

Bio :: Tools :: Run :: Piseplication :: Fasta Beschrijving

Bio :: Tools :: Run :: Piseplication :: FASTA is een bioperl-klasse voor sequence-database-zoekopdracht. BIO :: TOOLS :: RUN :: PISEAPPLICATIE :: FASTA is een Bioperl-klasse voor Sequence Database Search.parameters: FASTA (excl) FASTA-programmacy-query (volgorde) Vraagovereenvolgende bestandspijp: SEQFILE SEQTYPE (excL) is het een DNA of eiwit Sequentie (-N) Protein_db (excl.) Eiwit-database nucleotid_db (excl) nucleotid-database break_long (integer) Break lange bibliotheeksequenties in blokken (-N) ktup (integer) ktup: gevoeligheid en snelheid van het zoeken (eiwit: 2, DNA: 6) Optcut (integer) Optcut: de drempel voor optimalisatie. (-C) Gapinit (gehele getal) boete voor GAP-initiatie (-12 standaard voor fasta met eiwitten, -16 voor DNA) (-f) Gapext (geheel getal) Straf voor GAP-extentie (-2 standaard voor fasta met eiwitten, - 4 voor DNA) (-g) High_expect (float) Maximale verwachtingswaarde-drempel voor het weergeven van scores en uitlijning (-E) Low_Expect (float) Minimale verwachtingswaarde-drempel voor het weergeven van scores en uitlijning (-F) Nucleotid_Match (Integer) Beloning voor een nucleotide Match (-R) nucleotid_mismatch (integer) boete voor een nucleotide mismatch (-R) matrix (excl) scoren matrixbestand (-S) x_penalty (integer) boete voor een wedstrijd met 'x' (onafhankelijk van de Pam Matrix) (- x) Frameshift (gehele getal) Straf voor Frameshift tussen Codon (Fast / Tfast ) (- H) Frameshift_within (geheel) Straf voor Frameshift in een Codon (Fasty / Tfasty) (- J) ThreeFrame (Switch) Zoeken Alleen de drie voorwaartse frames (tasta) (-3) omkeren (schakelaar) omgekeerde aanvulling op de query-sequentie (alle tasta) (-i) genetic_code (excl.) Gebruik genetische c Ode voor vertaling (tasta / tfers / snel ) (-t) band (geheel getal) bandbreedte gebruikt voor optimalisatie (-y) Swalig (schakelaar) Onbeperkte Smith-Waterman-uitlijning voor DNA (-A) Noopt (Switch) Geen beperkte optimalisatie (-o) Stat (excl) specificeer de statistische berekening. (-Z) Random (Switch (Switch) Schatting Stat-parameters van Shuffled Kopieën van elke Library Sequence (-z) Histogram (Switch) Geen histogram (-h) Scores (geheel) Aantal overeenkomstencores (-b) ALNS (geheel getal ) Aantal uitlijningen worden getoond (-d) HTML_OUTPUT (Switch) HTML-uitgang (-m) Markx (excl.) Alternatieve weergave van wedstrijden en mismatches in alignments init1 (schakelaar) sequenties gerangschikt door de Z-score op basis van de init1-score ( -1) Z_Score_out (excl) Show Normalize-score als (-b) Showall (schakelaar) Beide sequenties worden in hun geheel in alignments (fasta) (-A) Linlen (geheel) uitgangsregellengte weergegeven voor sequentie-uitlijningen (max. 200 ) (-W) Offsets (string) Startpagina van de uitgelijnde sequenties op Positie X1 X2 (2 Numbers) (-x) Info (Switch) Meer informatie over de bibliotheeksequentie weergeven in de uitlijning (-L) Statfile (Outfile) Uitnodigingen De volgorde-ID, Superfamily-nummer en gelijkenisscores naar dit bestand (-R) filter (schakelaar) kleine letters filtering (-S) outfile (outfil e) Pijp: Mview_Input HTML_OutFile (Outfile) -vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: Run :: Piseplication :: Fasta Gerelateerde software