Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow BIO :: TOOLS :: RUN :: PISEWORDFLOW is een klasse om een PISE-workflow te maken met behulp van Pise Application-objecten als methoden.
Download nu

Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow Tags

Perl-module workflow Pise workflow Pise Application Objects Pise

Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow Beschrijving

Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow is een klasse om een Pise-workflow te maken met behulp van Pise Application-objecten als methoden. Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow is een klasse om een Pise-workflow te maken met behulp van Pise Application-objecten als methoden. Een workflow wordt gedefinieerd door een reeks methoden die alle de klasse pisepplication.synopsis # EERSTE, CREËER A BIO :: Tools :: RUN :: AnalySifactorisch :: Pise Object: My $ Factory = New Bio :: Tools :: RUN: : Analysifactory :: Pise (); # Maak vervolgens de applicatieobjecten (Pise :: Run :: Tools :: Piseplication): My $ Clustalw = $ Factory-> Programma ('Clustalw'); $ Clustalw-> Infile ($ my_alignment_file); mijn $ protpars = $ Factory-> -programma ('protpars'); # U kunt verschillende servers opgeven voor verschillende applicaties: My $ Partdist = $ Factory-> -programma ('Protpars' -Remote => 'http://kun.homelinux.com/cgi-bin/pise/5.a//protpars .pl ', -email =>' your_email '); # Maak een nieuw werkstroomobject: mijn $ workflow = bio :: Tools :: Run :: PiseworkFlow-> NIEUW (); # Definieer de methoden van de workflow met behulp van de toepassingsobjecten: # De toepassingsmethode $ Protpars ontvangt de uitvoer van # Type 'LEADSEQ_OK_AALIG' van de toepassingsmethode $ Clustalw. $ Workflow-> AddPipe (-method => $ Clustalw, -tomethod => $ protpars, -pipetype => 'leesseq_ok_alig'); # De applicatiemethode $ Clustalw wordt naar een tweede # -toepassingsmethode ($ -dist) met behulp van de uitvoer van type 'LEADSEQ_OK_AALIG'. $ Workflow-> AddPipe (-method => $ Clustalw, -tomethod => $ -dist, -pipetype => leesseq_ok_alig '); # De applicatiemethode $ protpars worden naar de applicatie # Methode $ CONSENSE buizen met behulp van de uitvoer van Type 'Phylip_Tree'. mijn $ consense = $ Factory-> -programma ('Kosten'); $ workflow-> addpipe (-method => $ protpars, -tomethod => $ consense, -pipetype => 'phylip_tree'); # Voer de workflow uit. $ workflow-> run (); Vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: Run :: Piseworkflow Gerelateerde software