Bio :: Tools :: Run :: Primer3 Invoer voor en werk met de uitvoer van het programma Primer3
Download nu

Bio :: Tools :: Run :: Primer3 Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: Run :: Primer3 Tags

Perl-module perl uitgang Programma Primer3 Primer3 uitgang primer3

Bio :: Tools :: Run :: Primer3 Beschrijving

Maak invoer voor en werk met de uitvoer van het programma Primer3 Bio :: Tools :: Run :: Primer3 is een PERL-module om input voor te maken en te werken met de uitvoer van het programma Primer3.Synopsisbio :: Tools :: Primer3 maakt de invoerbestanden die nodig zijn om primers te ontwerpen met Primer3 en biedt toegang tot Gegevens in de Primer3-uitvoerbestanden. Deze module biedt een Bioperl-interface aan het programma Primer3. Zie http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html voor details en om de software te downloaden. Deze module zou moeten werken voor Primer3-release 1, maar werkt niet gegarandeerd met eerdere versies. # Ontwerp sommige primers. # De uitgang wordt in Temp.Out gebruikt Bio :: Tools :: Run :: Primer3; Gebruik BIO :: SEQIO; My $ SEQIO = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FILE => 'Data / DNA1.FA'); mijn $ SEQ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ; Mijn $ Primer3 = Bio :: Tools :: Run :: Primer3-> NIEUW (-SEQ => $ SEQ, -Outfile => "Temp.out", -Path => "/ usr / bin / primer3_core"); # of na het feit dat u de Programma_Name $ Primer3-> Programma_Name ('My_Supefast_Primer3') kunt wijzigen; Tenzij ($ Primer3-> uitvoerbaar) {Print Stderr "Primer3 niet kan worden gevonden. Is het geïnstalleerd? "; EXIT (-1)} # Wat zijn de argumenten, en wat bedoelen ze? Mijn $ args = $ primer3-> argumenten; print" argument betekenis "; Foreachy My $ -toets (sleutels% {$ args}) {print" $ KEY ", $$ AGS {$ Key}," "} # Zet de maximale en minimale TM van de Primer $ Primer3-> Add_Targets ('Primer_Min_TM' => 56, 'Primer_Max_TM' => 90); # Design de primers. Dit loopt primer3 en retourneert een # BIO :: Tools: : Uitvoeren :: Primer3-object met de resultaten $ Resultaten = $ Primer3-> Run; # Zie de Bio :: Tools :: Run :: Primer3-pod voor # dingen die u hiervan kunt krijgen. Bijvoorbeeld: print "Er waren" , $ resultaten-> nummer_of_results, "primers "; RUN :: Primer3 Creëert de invoerbestanden die nodig zijn om primers te ontwerpen met Primer3 en mechanisme biedt om toegang te krijgen tot gegevens in de Primer3-uitvoerbestanden. Deze module biedt een Bioperl-interface aan het programma Primer3. Zie http: // www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html voor details en om de software te downloaden. Developpelcommentaar is gebaseerd op een geschreven door Chad Matsalla. Ik heb een deel van zijn code gescheurd en voegde er veel van mijn eigen. Vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: Run :: Primer3 Gerelateerde software