Bio :: Tools :: Run :: TRIMMCL BIO :: TOOLS: RUN :: TRIMMCL is een werkwijze voor clusteringseiwitten in aanverwante groepen, die 'eiwitfamilies' worden genoemd.
Download nu

Bio :: Tools :: Run :: TRIMMCL Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: Run :: TRIMMCL Tags

Perl-module Clustering clusteringseiwitten Eiwit gezinnen eiwitten

Bio :: Tools :: Run :: TRIMMCL Beschrijving

BIO :: TOOLS: RUN :: TRIDMCL is een werkwijze voor clusteringseiwitten in aanverwante groepen, die 'eiwitfamilies' worden genoemd. BIO :: TOOLS: RUN :: TRUBEMCL is een methode voor clusteringseiwitten in aanverwante groepen, die 'eiwit families'synopsis worden genoemd, gebruik BIO :: Tools :: RUN :: TRIMEMCL; Gebruik Bio :: Searchio; # 3 Methoden om de ontploffingsresultaten in te voeren # rechtdoorwaartse RAW BLAST-uitvoer (NCBI of WU-BLAST) MY @PARAMS = ('INPUTTYPE' => 'Blastfile'); # Of # Markov programmatiefotatie # protein_id1 protein_id2 evalueer_magnitude evalue_factor # Bijvoorbeeld: # eiwitten SP00000257547 en ENSP00000261659 # met een externe evaluatie van 1e-50 # en eiwitten O42187 en ENSP00000257547 # met een externe evaluatie van 1E-119 # mijn @array = , ]; mijn @params = ('paren' => @ array, i => '2.0'); # Of # passeren in een zoekopdracht door Searchio # SLUITEST VAN DE 3 METHODEN ALS DIT MEER RIGOURE PARSING # DAN NAAR VEREIST VOOR ONS HIER MIJN $ SIO = BIO :: SEARCHIO-> NIEUW (-FORMAT => 'BLAST', -FILE => 'Blast.out'); Mijn @params = ('Inputtype' => 'Searchio', i => '2.0'); # U kunt het pad naar het uitvoerbare bestand op de volgende manier opgeven op de volgende manier My @Params = ('Inputtype' => 'Blastfile', i => '2.0', 'MCL' => '/ Home / Shawn / Software / MCL- 02-150 / SRC / SHMCL / MCL ',' MATRIX '=>' / Home / SHAWN / SOFTWARE / MCL-02-150 / SRC / Contrib / Tribe / Tribe-Matrix '); Mijn $ fact = bio :: Tools :: RUN :: TRUBEMCL-> NIEUWE (@PARAMS); # Of $ fact-> matrix_execable ('/ home / shawn / software / MCL-02-150 / SRC / Contrib / Tribe / Tribe-Matrix'); $ FACT-> MCL_EXECUTOBLE ('/ Home / SHAWN / SOFTWARE / MCL-02-150 / SRC / SHMCL / MCL'); # Om mijn $ fact te gebruiken = Bio :: Tools :: RUN :: TRIDMCL-> NIEUWE (@PARAMS); # Voer het programma uit # Retourneert een array-verwijzing naar clusters waar leden de ID's zijn # bijvoorbeeld: 2 clusters met 3 leden per cluster: # $ fam = , ] # Pass in de Blastfile Path / Searchio Obj / The Array Ref om My $ FAM = $ FACT-> RUN ($ SIO) te scoort; # Print je clusters voor (mijn $ i = 0; $ i }). "Maten"; Foreach My $ Lid (@ {$ fam -> }) {print "t $ 1; }} Deze clustering wordt bereikt door gelijkenisspatronen tussen eiwitten in een gegeven dataset te analyseren en deze patronen te gebruiken om eiwitten toe te wijzen aan gerelateerde groepen. In veel gevallen zullen eiwitten in dezelfde eiwitfamilie vergelijkbare functionele eigenschappen hebben. Wat is nieuw in deze release: · Perl

Bio :: Tools :: Run :: TRIMMCL Gerelateerde software