Bio :: Tree :: distanceFactory BIO :: Tree :: distanceFactory is een PERL-module om een boom te bouwen met behulp van op afstand gebaseerde methoden.
Download nu

Bio :: Tree :: distanceFactory Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tree :: distanceFactory Tags

Perl-module Boom construeren construct boom boomafstand

Bio :: Tree :: distanceFactory Beschrijving

BIO :: Tree :: distanceFactory is een PERL-module om een boom te bouwen met behulp van op afstand gebaseerde methoden. Bio :: Tree :: distanceFactory is een Perl-module om een boom te bouwen met behulp van op afstand gebaseerde methodes.Synopsis Gebruik Bio :: Tree :: distanceFactory; Gebruik Bio :: Inlinio; Gebruik bio :: uitlijnen :: Dnastatistics; mijn $ tfactory = bio :: tree :: distanceFactory-> Nieuw (-method => "NJ"); mijn $ stats = bio :: uitlijnen :: DNASTATISTICS-> NIEUW (); Mijn $ ALNIN = BIO :: TARMIO-> NIEUW (-FORMATION => 'Clustalw', -file => file.aln '); mijn $ ALN = $ ALNIN-> NEXT_ALN; # Natuurlijk Matrix kan afkomstig zijn van een andere plaats # zoals phylip als je de voorkeur geeft, bio :: matrix :: io zou in staat moeten zijn # om veel dingen te ontleden Mijn $ JCMATRIX = $ Statistieken-> Afstand (-Aligge => $ ALN, - methode => 'jukes-cantor'); Mijn $ Boom = $ TFactory-> Make_Tree ($ JCMATRIX); dit is een fabriek die een fylogenetische boom zal construeren op basis van de paarse reeksafstanden voor een reeks sequenties. Momenteel worden Upgma (Sokal en Michener 1958) en NJ (Saitou en NEI 1987) Boomconstructiemethoden geïmplementeerd. Vereisten: · Perl

Bio :: Tree :: distanceFactory Gerelateerde software