Bio :: alignio :: bl2seq BIO :: TARMIO :: BL2SEQ is een BL2SEQ-sequentie-ingang / uitvoerstroom.
Download nu

Bio :: alignio :: bl2seq Rangschikking & Samenvatting

Bio :: alignio :: bl2seq Tags

Perl-module reeks bl2seq-reeks Invoer / Uitgangsstroom bl2seq invoer uitvoer

Bio :: alignio :: bl2seq Beschrijving

BIO :: TARMIO :: BL2SEQ is een BL2SEQ-sequentie-ingang / uitvoerstroom. BIO :: TARMIO :: BL2SEQ is een BL2SEQ-sequentie-ingang / uitgangsstroom.SynopsisDo Gebruik deze module niet rechtstreeks. Gebruik het via de BIO :: EARNILE-klasse, zoals in: Gebruik Bio :: Inlinio; $ IN = BIO :: EARNIO-> NIEUW (-FILE => "INPUTFILENAME", '-FORMAT' => 'BL2SEQ'); $ ALN = $ IN-> NEXT_AALN (); dit object kan bio :: SIMEALIGN SEQUENTIE-uitlijningsobjecten (van 2 sequenties) van BL2SEQ BLAST RAPPORTS.A Nice-functie van deze module is die - in combinatie met standaloneblast.pm of externe stralen - het kan worden gebruikt om 2 sequenties uit te lijnen en een Simplyign-object uit hen te maken, wat dan kan worden gemanipuleerd met behulp van een SimplEalign.PM-methoden, bijvoorbeeld: #get 2 sequenties $ str = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FILE => ' t / amino.fa ',' -Format '=>' fasta ',); mijn $ seq3 = $ str-> next_seq (); mijn $ seq4 = $ str-> next_seq (); # Run BL2SEQ op hen $ Factory = BIO :: Tools :: StandaloneBlast-> Nieuw ('Programma' => 'Blastp', 'Outfile' => 'BL2SEQ.OUT'); mijn $ BL2SEQ_Report = $ Factory-> BL2SEQ ($ SEQ3, $ SEQ4); # Gebruik alignio.pm om een SimplEalign-object te maken van het BL2SEQ-rapport $ str = bio :: alignio-> nieuw (-file => 'bl2seq.out', '- formaat' => 'BL2SEQ'); $ ALN = $ str-> next_Aln (); vereisten: · perl

Bio :: alignio :: bl2seq Gerelateerde software