Bio :: annotationcollectioni BIO :: annotationcollectioni is een PERL-interface voor annotatiecollecties.
Download nu

Bio :: annotationcollectioni Rangschikking & Samenvatting

Bio :: annotationcollectioni Tags

Perl-module koppel perl Perl-interface annotatiecollecties

Bio :: annotationcollectioni Beschrijving

Bio :: AnnotationCollectioni is een Perl-interface voor annotatiecollecties. BIO :: annotationcollectioni is een Perl-interface voor annotatie-collecties.Synopsis # Krijg een annotationcollectioni op de een of andere manier, bijv. $ AC = $ SEQ-> annotatie (); Foreach $ -toets ($ AC-> Get_all_annotation_Keys ()) {@Values = $ ac-> get_annotations ($ -toets); Foreach $ -waarde (@values) {# -waarde is een bio :: annotationi en definieert een "AS_TEXT" -methode "annotatie", $ sleutel, "Stedelijke waarde", $ VALUE-> AS_TEXT, "N"; # Ook gedefinieerde HASH_Tree-methode, waarmee gegevens georiënteerde # toegang in dit object $ hash = $ -waarde-> HASH_TREE () mogelijk maakt; }} Annotatiecollecties zijn een manier om een reeks "interessante feiten" over iets op te slaan. We noemen een "interessant feit" in Bioperl een annotatie (dit verschilt van een reeksfunctie, die een sequentiefe-functie wordt genoemd en kan al dan niet een annotatie-collectie hebben). De problemen hierover is dat we niet zeker zijn wat "interessante feiten "Iemand wil misschien opslaan: de mogelijkheid is eindeloze.bioperl's aanpak is dat de" interessante feiten "worden weergegeven door BIO :: annotationi-objecten. De interface BIO :: Annotationi Guarentees Twee methoden $ OBJ-> AS_TEXT (); # String geformeerd om te worden weergegeven op gebruikers en $ OBJ-> HASH_TREE (); # Hash met gedefinieerde regels voor data-georiënteerde DiscoveryThe Hash_Tree-methode is ontworpen om goed te spelen met XML-uitgang en andere "genest-tag-of-data-waarden" Think Boulderio en / of ACE-dingen. Voor meer info Lees Bio :: Annotationi DocSannotations worden opgeslagen in annotationcollecties, elke annotatie onder een andere "tag". De tags maken eenvoudige ontdekking van de beschikbare annotaties en in sommige gevallen (zoals de tag "Gene_Name") geven aan hoe u de gegevens onder de tag kunt interpreteren. De tag is slechts één tag diep en elke tag kan een reeks waarden hebben. Bovendien zijn AnnotationCollectioni's Guaarsee om een consistente ingestelde objectwaarden onder elke tag te handhaven - tenminste dat elk object voldoet aan één interface. De "standaard" annotationcollectie dringt aan op de volgende regels zijn ingesteld TAG-object --- ------- Reactie Bio :: Annotatie :: Reactie Dblink Bio :: Annotation :: Dblink Beschrijving Bio :: Annotatie :: SimpleValue Gene_Name BIO: : ANNOTATION :: SimpleValue Ontologie_TERM BIO :: ANNOTATION :: ONTROELETERMERM REFERENTIE BIO :: ANNOTATION :: Referencethese Tags zijn de implict-tags die het SEQIO-systeem nodig heeft om te round-trip Genbank / EMBL / SwissPot. U als gebruiker en VS collectief. Aangezien een gemeenschap de "standaard" -tagmapping in de tijd en specifiek voor een bepaald gebied kan groeien. Wat is er nieuw in deze release: · PERL

Bio :: annotationcollectioni Gerelateerde software