Bio :: das Interface naar gedistribueerde annotatiesysteem
Download nu

Bio :: das Rangschikking & Samenvatting

Bio :: das Tags

Perl-module koppel perl DAS Distributed Annotatie System DAS-interface

Bio :: das Beschrijving

Interface naar gedistribueerde annotatiesysteem BIO :: DAS is een PERL-module die toegang geeft tot genoomsequenties- en annotatiedatabases die hun gegevens exporteren in gedistribueerde annotatiesysteem (DAS) -formaat Versie 1.5. Dit systeem is beschreven op http://biodas.org. Zowel niet-gecodeerd (http :) en SSL-gecodeerd (HTTPS :) DAS-servers worden ondersteund. (Om SSL uit te voeren, hebt u IO :: Socket :: SSL en NET :: SSLEAY geïnstalleerd). Synopsis Gebruik Bio :: DAS; # SERIAL API MY $ DAS = BIO :: DAS-> NIEUW (-SOURCE => 'http://www.wormbase.org/db/das', -DSN => 'elegans', -Aggregators => ); mijn $ segment = $ das-> segment ('Chr1'); mijn @Features = $ segment-> -functies; mijn $ DNA = $ segment-> DNA; # Parallelle API # Maak een nieuwe DAS-agent met een time-out van 5 sec. Mijn $ DAS = BIO :: DAS-> NIEUW (5); # Fetch-functies van WormBase Live en Ontwikkelingsservers Spanning twee segmenten op chromosoom I My @REQUEST = $ DAS-> FUNCTIES (-DN => , -segment => ); Voor mijn $-aanvraag (@Request) {if ($ aanvraag-> is_ccess) {print " Reactie van ", $ verzoek-> DSN," ", mijn $ resultaten = aanvraag-> resultaten; voor mijn $ segment (sleutels% $ resultaten) {My @Features = @ {$ resultaten -> {$ segment}}; print", join '', $ segment, @Kenmerken," ";}} anders {#Error WARN $ VERZOEK-> DSN,": ", $ VERZOEK-> FOUT", " ";}} # Hetzelfde, maar met behulp van een callback: $ DAS-> Functies (-DN => , -segment => , -callback => sub {My $ Feature = Shift; My $ segment = $ functie-> segment; mijn ($ start, $ einde) = ($ functie-> start, $ feature-> einde); print "$ segment => $ functie ($ Start, $ einde) "; } ); Vereisten: · Perl

Bio :: das Gerelateerde software