Bio :: db :: gff :: feature BIO :: DB :: GFF :: functie is een relatief segment geïdentificeerd door een functietype.
Download nu

Bio :: db :: gff :: feature Rangschikking & Samenvatting

Bio :: db :: gff :: feature Tags

Perl-module Perl-bibliotheek perl module relatief segment

Bio :: db :: gff :: feature Beschrijving

BIO :: DB :: GFF :: Feature is een relatief segment geïdentificeerd door een functietype. BIO :: DB :: GFF :: Feature is een relatief segment geïdentificeerd door een functie Type.bio:::DB::GFF ::Feature is een reeks volgorde die overeenkomt met een enkele annotatie in een GFF-database. Het erft van BIO :: DB :: GFF :: relessegment, en heeft dus alle steun voor relatieve adressering van deze klasse en zijn voorouders. Het erft ook van BIO :: SEQFEATUREI en heeft de vertrouwde start (), stop (), primaire_tag () en locatie () methoden (IT implementeert BIO :: locationi ook, indien nodig) .BIO :: DB :: GFF: : De functie voegt nieuwe methoden toe om het type annotatie, de groep en andere GFF-attributen op te halen. Annotatietypen worden vertegenwoordigd door BIO :: DB :: GFF :: TIMENAME-objecten, een eenvoudige klasse die twee methoden heeft genoemd () en bron (). Deze komen overeen met de methode en bronvelden van een GFF-bestand.Anotation-groepen dienen het dubbele doel van het geven van de annotatie een menselijke leesbare naam en het leveren van hogere orde-groeperingen van subvullingen in functies. De groepen geretourneerd door deze module zijn objecten van de bio :: db :: gff :: featname class.bio::db::GFF::Feature erft van en implementeert de abstracte methoden van BIO :: SEQFEATUREI, waardoor het kan interopereren Andere bioperl-modules.generaal, u maakt of manipuleren geen bio :: DB :: GFF :: Feature-objecten direct, maar gebruik degenen die worden geretourneerd door de BIO :: DB :: GFF :: Relegment-> Functies () Methode. BELANGRIJKE OPMERKING over START () VS EINDE () Indien de functies zijn afgeleid van segmenten die een relatieve adressering gebruiken (die de standaardinstelling is), is start () minder dan eind () als de functie op de tegenovergestelde streng van de referentiesequentie staat, . Dit breekt BIO :: SEQI-naleving, maar is noodzakelijk om te voorkomen dat de echte genomische locaties die zijn aangewezen door Start () en End () Swap Places bij het wijzigen van referentiepunten. Om dit gedrag te voorkomen, bel dan $ segment-> absoluut (1) Kenmerken eruit. Dit zal alles in absolute coördinaten forceren. Voorbeeld: mijn $ segment = $ db-> segment ('chromosoom_i'); $ segment-> absoluut (1); mijn @Features = $ segment-> -functies ('transcript'); Vereisten: · Perl

Bio :: db :: gff :: feature Gerelateerde software