Bio :: grep PERL-extensie voor het zoeken in DNA- en eiwitsequenties
Download nu

Bio :: grep Rangschikking & Samenvatting

Bio :: grep Tags

Perl-module perl eiwit DNA Zoek DNA-sequentie Zoek de eiwitsequentie

Bio :: grep Beschrijving

Perl-extensie voor het zoeken in DNA- en eiwitsequenties BIO :: grep is een perl-extensie voor het zoeken in DNA- en eiwitsequenties.Synopsis Gebruik Bio :: grep; Mijn $ SBE = BIO :: GREP-> NIEUW ('VMATCH'); # Definieer de locatie van het achtervoegsel-arrays $ sbe-> -instellingen-> datapath ('gegevens'); MKDIR ($ SBE-> Instellingen-> Datapath); # Genereer nu een suffixarray. Je moet dit maar één keer doen. $ SBE-> Generate_Database ({Bestand => 'ath1.cdna', beschrijving => 'AGI-transcripten',}); # Zoeken in dit achtervoegsel array $ SBE-> Instellingen-> Database ('ath1.cdna'); # Zoeken naar de omgekeerde aanvulling en toestaan 2 Mismatches $ SBE-> Instellingen-> Query ('Ugaacagaag'); $ sbe-> instellingen-> reverse_complement (1); $ SBE-> Instellingen-> Mismatches (2); # of u kunt FASTA-bestand gebruiken met query's # $ sbe-> instellingen-> query_file ('oligos.fasta'); # $ sbe-> zoeken (); # U kunt ook de instellingen in het zoekoproep opgeven. # Dit reset ook alles behalve de paden en de database # (omdat het waarschijnlijk is dat ze niet veranderen wanneer zoeken # meerdere keren wordt genoemd) $ sbe-> zoeken ({query => 'agagccct', reverse_complement => 1, mismatches => 1,}); mijn @ids; # uitgang enkele informatie! TERWIJL (MIJN $ RES = $ SBE-> NEXT_RES) {Print $ Res-> Sequence-> ID. " ", print $ res-> alignment_string ()." "; Push @ids, $ Res-> Sequence_ID;} # Krijg de gensequenties van alle wedstrijden als BIO :: SEQIO-object. # (om een FASTA-bestand bijvoorbeeld te genereren) My $ SEQIO = $ SBE-> GET_BAKENCENTIES (@IDS ); Bio-grep is een verzameling PERL-modules voor het zoeken in DNA- en eiwitsequenties. Het ondersteunt verschillende back-ends, vooral sommige (verbeterde) achtervoegselarray-implementaties. Momenteel is er geen suffixarry-tool die in alle scenario's werkt ( Al het hele genoom, eiwitten en RNA-gegevens). Bio :: grep biedt een gemeenschappelijke API aan de meest populaire hulpmiddelen. Op deze manier kunt u eenvoudig instrumenten schakelen of combineren. Vereisten: · Perl

Bio :: grep Gerelateerde software