CSB Computational Structural Biology Toolbox
Download nu

CSB Rangschikking & Samenvatting

CSB Tags

Python-bibliotheek Python kader biologie

CSB Beschrijving

CSB is een Python-bibliotheek- en applicatiekader, dat kan worden gebruikt om problemen op te lossen op het gebied van computationele structurele biologie. Als u een bio-informatica, software-engineer of een onderzoeker die op dit gebied werkt, is de kans groot dat u hier iets nuttigs vindt. Ons pakket bestaat uit een paar grote componenten: 1. Core Class Library - Object-georiënteerd, korrelig, met de nadruk op ontwerp en schone interfaces.2. Application Framework - Console-toepassingen ("Protocollen"), die objecten van de kernbibliotheek consumeren om iets uitvoerbaars te bouwen (en hopelijk nuttig) .3. Test Framework - zorgt ervoor dat de bibliotheek eigenlijk werkt.Compatibilityin kort: vereist Python 2.6 of hoger.CSB wordt ontwikkeld op Linux, onder Python 2.7. Compatibiliteit is echter een ontwerpdoel en het pakket werkt op elk platform, op elke moderne Python-tolk sinds versie 2.6 (ja, inclusief Python 3-ondersteuning uit de doos). Als u problemen heeft gevonden op een platform / tolk anders dan onze ontwikkelingsomgeving, laat het ons weten. We zullen ons vriendelijk verontschuldigen, het probleem oplossen en een regressietestcase schrijven om ervoor te zorgen dat het probleem ooit en voor altijd zal worden opgelost. Installatie is uw tolk compatibel? Als Ja, gaat u verder met de installatie van enkele triviale pakketten, waarop CSB afhangt van: 1. Numpy - Verplicht (Numpy.cipy.org) 2. Scipy - Verplicht (Scipy.org) 3. Matplotlib en WXPYTHON - optioneel, alleen nodig als u CSB.IO.PLOTS4 wilt gebruiken. Unittest2 - alleen nodig als u Python 2.65 gebruikt. Argparse - kan nodig zijn als u Python 2.6IF gebruikt U kunt CSB op Windows installeren, Numpy, SCIPY en MATPLOTLIB kunnen worden geïnstalleerd uit binaire MSI / EXE-pakketten, de rest kan van PYPI worden geïnstalleerd. Op Debian-achtige Linux-distributies, gebruik uw pakketbeheerder: Apt-Get Install * Package * waar pakket een van: Python-Numpy, Python-Scipy, Python-Matplotlib.Finally, Installeer CSB zelf: Python Setup.py InstallCSB is net Geïnstalleerd op de volgende locatie: Python -C "Import CSB, OS; PRINT (OS.Path.abspath (OS.Path.join (CSB .__ PATH __ , '..')))" Laten we dit pad $ Lib noemen .TestingRunning De CSB-testsuite kan handig zijn als u aan de broncode wijzigt, of als u gewoon wilt controleren of uw installatie werkt. Alle CSB-tests worden uitgevoerd met de CSB.Test.console. Een typische manier om de console uit te voeren is: Python $ Lib / CSB / Test / App.py "CSB.Test.cases. *" Of alleen: Python $ Lib / CSB / Test / App.pyFor Help Probeer: Python $ Lib / CSB / Test / APP.PY -HFFor Meer informatie over ons testkader, inclusief richtlijnen voor het schrijven van eenheidseenheid, raadpleegt u de API-documentatie, pakket "CSB.TEST" .PRODUCT's startpagina

CSB Gerelateerde software