Chemie :: Midaspattern Selecteer atomen in macromoleculen
Download nu

Chemie :: Midaspattern Rangschikking & Samenvatting

Chemie :: Midaspattern Tags

Perl-module perl atomen Selecteer atomen macromoleculen

Chemie :: Midaspattern Beschrijving

Selecteer atomen in macromoleculen Chemie :: Midaspattern is een perl-module om atomen in macromoleculen te selecteren. Synopsis Gebruik chemie :: Midaspattern; Gebruik chemie :: Bestand :: PDB; # Lees een molecuul mijn $ mol = chemie :: macromol-> lezen ("test.pdb"); # Definieer een patroon matching carbons alfa en bèta # in alle valinestresten mijn $ str = ': val @ ca, cb'; Mijn $ Patt = Chemistry :: Midaspattern-> Nieuw ($ Str); # Breng het patroon aan op het molecuul $ PATT-> MATCH ($ MOL); # extraheer de resultaten voor mijn $ ATOM ($ PATT-> ATOM_MAP) {printf "% s% s ", $ Atom-> Attract (" PDB / Residu_Name "), $ Atom-> Naam;} Printf" Gevonden% D-atomen ", Scalaire ($ PATT-> ATOM_MAP); deze module implementeert gedeeltelijk een patroonverzamelingsmotor voor het selecteren van atomen in macromoleculen met behulp van Midas / Chimera-patronen. Zie http://www.cmpharm.ucsf.edu/midas /Midas-uh-3.html#sh-2.1 voor een gedetailleerde beschrijving van deze taal.Deze module deelt dezelfde interface als chemie :: patroon; om een patroon-matching-bediening op een molecuul uit te voeren, volg deze stappen. Patroonobject, door een string te parseren. Laten we aannemen dat het patroonobject wordt opgeslagen in $ Patt en dat het molecuul $ mol.2 is) voer het patroon op het molecuul uit door $ Patt-> Match ($ Mol) .3) uit te voeren. $ Patt-> Match () retourneert true, extraheer de "kaart" die het patroon verhoudt tot het molecuul door $ PATT-> ATOM_MAP te bellen. Deze methode retourneert een lijst van de atomen in het molecuul dat overeenkomt met het patroon. Dus $ Patt-> Atom_Map (1) zou analoog zijn aan de speciale variabele van $ 1 die wordt gebruikt voor reguliere expressie-matching. Het verschil tussen chemie :: patroon en perl reguliere ex Parts is dat atomen altijd worden vastgelegd en dat elk atoom altijd één "slot" gebruikt. Vereisten: · Perl

Chemie :: Midaspattern Gerelateerde software