Chromosome :: Kaart GD-afbeeldingen van chromosoomkaarten genereren
Download nu

Chromosome :: Kaart Rangschikking & Samenvatting

Chromosome :: Kaart Tags

Perl-module generator kaarten GD-afbeeldingen chromosoomkaarten chromosoom

Chromosome :: Kaart Beschrijving

Genereer GD-afbeeldingen van chromosoomkaarten Chromosome :: Kaart is een PERL-module die het beeldbestand van de chromosomale kaart kan produceren. Het kan worden gebruikt om genetische of fysieke kaarten te tekenen. Verschillende tracks (d.w.z. lijst met marker) kunnen worden toegevoegd aan de chromosomale kaart: Markers Track en QTL Interval Region Track (zie Synopsis). Een lijst met codekleuren is beschikbaar op http://chicken.genouest.org/documentations/chromosomemap/#colorssynopsis #! / Usr / bin / PERL-W # Dit script produceert een chromosomale kaart met verschillende markers en qtl # intervalregio. Een nep% GC-gehalte wordt toegevoegd aan het chromosoom-gebruik strikt; Gebruik chromosoom: kaart; Mijn% H = (ADL120 => '25', ADL035 => '5', ADL034 => '4', MCW014 => '110', MCW123 => '89', MCW340 => '70', LEI456 => '132', lei451 => '130', lei452 => '130.5', lei453 => '130.7', lei454 => '131', lei455 => '131.4', lei457 => '132', mcw087 => ' 50 ', MCW012 =>' 12 ', MCW051 =>' 51 ', ADL121 =>' 26 ', ADL123 =>' 27 ', ADL122 => '26 .2', MCW114 => '45', LEI258 => '15 ', MCW240 => '45 .1', MCW247 => '110', lei556 => '44', MCW614 => '45 .2 ', ADL067 =>' 5.3 ', MCW140 => '45 .2', lei056 => '45 .6 ' ,); Mijn $ MAP = chromosoom :: Kaart-> Nieuwe (-lengte => '140', -Name => 'GGA5', -Height => '500', -units => 'cm',); mijn $ size = $ map-> get_map_size; Mijn $ eenheden = $ MAP-> GET_MAP_UNITS; Print "Kaartgrootte: $ size $ eenheden "; My $ Mark_Track = Chromosome :: Kaart :: Track-> Nieuwe (-Name => 'Markers', -type => 'marker',); mijn $ qtl_track = chromosoom :: Kaart :: TRACK-> NIEUW ( -Name => qtl ', -type =>' Interval ',); mijn $ gc_track = chromosoom :: Kaart :: TRACK-> NIEUW (-NAME =>'% GC-inhoud ', -type =>' Feature ' , -Display => 'Relatief', -Render => 'Gradiënt',); # Tracks toevoegen aan kaart $ Map-> add_track ($ Mark_track); $ MAP-> ADD_TRACK ($ QTL_TRACK); $ MAP-> ADD_TRACK ( $ Gc_track); mijn $ NB_TRACK = $ MAP-> GET_NB_TRACKS; PRINT "NB TRACK: $ NB_TRACK "; # Het genereren van een nepfunctie relatieve elementen en voeg ze toe in het spoor # alleen voor illustratief doel mijn% GC; voor (mijn $ I = 0; $ INEW (-LOC => $ NB, -Color => 'Indigo', - Waarde => $ GC {$ NB}, -Valuetype => 'relatief',); $ gc_track-> add_element ($ g);} mijn @color = qw (blueviolet darkgoldenrod zwart softblue kaki rode blauwe tomaat); foreach mijn $ Mark (Sleutels% H) {My $ I = ABS (INT (RAND ($ # kleur))); Mijn $ marker = chromosoom :: Kaart :: Element-> Nieuwe (-Name => $ Mark, -loc => $ H {$ mark}, -color => $ kleur ,); $ mark_track-> add_element ($ marker);} # Definieer qtl element mijn $ qtl1 = chromosoom :: Kaart :: block-> nieuw ( -Name => 'bw', -start => '3', -end => '11', -color => 'darkgoldenrod',); mijn $ qtl2 = chromosoom :: Kaart :: block-> nieuw (- NAME => 'FAT', -Start => '92', -end => '100', -color => 'darkgoldenrod',); mijn $ qtl3 = chromosoom :: Kaart :: Block-> Nieuwe (-naam => 'Lean', -start => '112', -end => '120', -color => 'darkgoldenrod',); mijn $ qtl4 = chromosoom :: Kaart :: block-> nieuw (-naam = > 'Ei dev', -start => '95', -end => '115',); mijn $ QTL5 = chromosoom :: Kaart :: Block-> Nieuwe (-Name => 'IC', -Start => '91', -END => '122', -color => 'Blueviolet',); Mijn $ QTL6 = chromosoom :: Kaart :: Blok-> Nieuw (-naam => 'geboren', -start => '20', -end => '130',); Mijn $ QTL7 = chromosoom :: Kaart :: Block-> Nieuwe (-naam => 'Reproductie', -Start => '20', -end => '130',); $ qtl_track-> add_element ($ qtl1); $ qtl_track-> add_element ($ qtl2); $ qtl_track-> add_element ($ qtl3); $ qtl_track-> add_element ($ qtl4); $ qtl_track-> add_element ($ qtl5); $ qtl_track-> add_element ($ qtl6); $ qtl_track-> add_element ($ qtl7); mijn $ PNG = $ MAP-> PNG; mijn $ filename_png = "chr_map.png"; open (png, "> $ filename_png") || Die "kan geen bestand maken: $ filename_png! "; Binmode PNG, PNG $ PNG, PNG afsluiten; Vereisten: · Perl

Chromosome :: Kaart Gerelateerde software