Epos het schatten van fylogenies van soorten.
Download nu

Epos Rangschikking & Samenvatting

Epos Tags

kader modulair softwarekader fylogenetische analyse Phylogenetische visualisatie fylogenetisch

Epos Beschrijving

Het schatten van fylogenies van soorten. EPO's is een modulair softwarekader voor fylogenetische analyse en visualisatie. Bestaande fylogenetische software kan worden opgesplitst in twee groepen. Algoritmische pakketten die computationele methoden bieden voor een specifiek probleem en visualisatietools om resultaten te analyseren. Veel algoritmische gereedschappen ontbreken in de bruikbaarheid, omdat ze vaak opdrachtregel zijn gebaseerd, terwijl visualisaties vaak last hebben van arme grafische gebruikersinterfaces.epos vult deze kloof door een krachtige grafische gebruikersinterface te combineren met een plug-in-systeem waarmee een eenvoudige integratie van nieuwe algoritmen, visualisaties en data structuren. Een consistente interface wordt gebruikt om gegevens te beheren of om de beschikbare computationele methoden te starten, de werkstroom uit de gegevens of de toegepaste methodes los te koppelen. Turnen biedt EPOS algoritmen voor op afstand gebaseerde boomwederopbouw, boomafstanden, consensusbomen en supertree-methoden. Alle methoden zijn geïntegreerd in een pijplijnsysteem waarmee combinaties van methoden die achtereenvolgens worden uitgevoerd, waarbij de gegevensstroom automatisch door het systeem worden afgehandeld. Een uitgebreide boomweergave is opgenomen in EPO's. Het biedt verschillende lay-outs, colorisatie, annotatie- en exportfuncties en kan soepel bomen maken tot een paar duizend bladeren. Als visualisaties deel uitmaken van het modulaire systeem, kunnen ze worden uitgebreid in elke richting en nieuwe visualisatiemodules kunnen worden geïntegreerd , zeg, fylogenetische netwerken. Om de gegevensverwerking te vereenvoudigen, kan EPOS de gebruiker een aanhoudende werkruimte maken die alle gebruikte gegevenssets bevat. Gegevens binnen de werkruimte worden volhardend opgeslagen in een transparante en uitbreidbare backend-module. Wat is er nieuw in deze release: · De release bevat geen nieuwe functies, maar repareert enkele van de meest geërdische bugs, waaronder "Gebruik geen spaties in uw installatiepad" -probleem.

Epos Gerelateerde software