Ga :: Bekijk GO :: Weergave is een PERL-module die een GIF of PNG-afbeelding creëert voor het visualiseren van de GO DAG.
Download nu

Ga :: Bekijk Rangschikking & Samenvatting

Ga :: Bekijk Tags

Jpg Gif creëert gif Creëert JPG DAG

Ga :: Bekijk Beschrijving

GO :: View is een Perl-module die een GIF of PNG-afbeelding creëert voor het visualiseren van de GO DAG. GO :: Weergave is een PERL-module die een GIF of PNG-afbeelding creëert voor het visualiseren van de GO DAG.Deze PERL-module genereert een afbeelding die de ouder- en kindrelaties van een geselecteerde go-term weergeeft. Het biedt ook de visualisatie voor de GO :: Termfinder Perl-module gemaakt door de Stanford Microarray-database (SMD). Deze module is handig bij het analyseren van experimentele of computationele resultaten die een reeks genproducten produceren die een gemeenschappelijke functie of proces kunnen hebben. Synopsis Gebruik Go :: Bekijk; Mijn $ Goview = GO :: View-> NIEUW (-GOID => $ GOID, -ONTOLOGIEPROVIDER => $ ONTOLOGIE, -AANLOTATIONPROVIDER => $ annotatie, -Termfinder => @Pvalues, -Ispect => P ', -Configfile => $ conffile, -imagedir => "/ tmp", -Imageurlroot => "http://www.abc.com/tmp", -Imagename => "goview.88.png", -tree => 'up ', -nodeursl => $ gourl, -geneurl => $ Genurl, -pvaluecutoff =>' 0,01 ', -Imagelabel => "SGD"); Argument vereist Verwacht gegevens en type ---------------------------------------------- ------------------------------ -Goid Nee A Gene Ontology ID (GOID). Als er niets wordt ingevoerd, zal de module de bovenmalige doid van elke ontwerpbranch (I.E, GOID voor molecular_function, biological_process of cellulaire_component) -ontologieProvider Ja een Ontologie Provider-instantie. -annotatieProvider Nr. een annotatieprovider-instantie. Het is vereist voor het creëren van Tree for Go Term Finder Result. -Termfinder Geen enkele reeks van Hash-referenties die zijn teruggekeerd van de methode van de 'Finderms' van Go :: Termfinder-module. Het is vereist voor het creëren van Tree for Go Term Finder Result. -Ispect nee. Het aspect van de ontologiesprovider. Het is vereist voor het creëren van Tree for Go Term Finder Result. -Configfile Ja Het configuratiebestand voor het instellen van de algemene variabelen voor het grafische display. -Imagedir Ja, de map voor het opslaan van het nieuw gemaakte beeldbestand. Het moet wereld (niemand) leesbaar en beschrijfbaar zijn als u de afbeelding naar het web wilt weergeven. -Inageurlroot Nee de URL-root voor de -imagedir. Het is vereist als u de afbeelding naar het web wilt weergeven. -Imagename nee de naam van het beeldbestand. Standaard is de naam iets als 'goview.xxxx.png'. De 'xxxx' is het proces-ID. Een achtervoegsel voor het beeld (.png of .gif) mag niet worden verstrekt, zoals die op looptijd zal worden bepaald, afhankelijk van de mogelijkheden van de GD-bibliotheek. -Treetype Nr. Het tree-type. 1. omhoog => Toon de voorouderstructuur voor het gegeven doel. 2. DOWN => Toon de afstammingstructuur voor het gegeven doel. Standaard zal het de nakomend boom weergeven. -Geneurl Nee de URL voor elk gen om aan te linken. Het moet de tekst in de URL hebben die wordt gesubstitueerd door het echte doel voor een knooppunt. -Nodeurl Nee de URL voor elk GO-knooppunt om aan te linken. Het moet de tekst in de URL hebben die wordt gesubstitueerd door het echte doel voor een knooppunt. -PvaluecutOff Nee De P-value Cutoff voor het weergeven van de afbeelding voor Go Term Finder. De standaardinstelling is 0,01 -Imagelabel Nee het beeldetiket dat verschijnt in de linkerbovenhoek van de kaart. ---------------------------------------------------- ------------------------ Om het beeld op het web weer te geven: $ GoView-> ShowGraph; Om beeldbestandsnaam te maken en terug te sturen met Full Path: My $ ImageFile = $ GoView-> CreateImage; Vereisten: · Perl

Ga :: Bekijk Gerelateerde software