Geestig Mindy is een minimaal moleculair dynamiekprogramma.
Download nu

Geestig Rangschikking & Samenvatting

Geestig Tags

Programma dynamica Dynamics-programma Geestig

Geestig Beschrijving

Mindy is een minimaal moleculair dynamiekprogramma. Mindy is een heel eenvoudig, serieel moleculair dynamiekprogramma afgeleid van NAMD-broncode. Het maakt momenteel gebruik van Xplor-parameter- en structuurbestanden. Het programma is geschreven in zeer eenvoudig C ++. InstallatieUnpack De distributie. Een map met de naam "Mindy" wordt gemaakt. In de map Mindy zijn twee subdirectory's, "SRC" en "Test". De map "SRC" bevat de broncode en een makefile om Mindy.Tping "Make" in de SRC Directory Shoud Bouw Mindy met G ++. Als u Mindy wilt bouwen met behulp van een andere compiler of verschillende compiler-vlaggen, gebruikt u een van de build-doelen in de makefile of voegt u een nieuwe toe. Het uitvoerbare bestand wordt genaamd Mindy_ $ Arch, waar boog het platform is. Standaard is dit "G ++". Het gebruik van de opdrachtregel Syntaxis voor Mindy is: Mindy NstePs PDBFile PSffile Paramfilensteps Specificeert hoeveel tijdstimulaties te nemen. PDBFile en PSffile zijn respectievelijk de coördinaten- en structuurbestanden van het systeem dat u wilt simuleren. Paramfile is de naam van uw parameterbestand. Zowel het PSF-bestand als de parameter moeten in X-Plor-indeling zijn. De testdirectory bevat twee sets bestanden die kunnen worden gebruikt als inputs voor Mindy. "Alanin" is een 66 atoompolypeptide, en "BRH" is een kristalstructuur van bacteriorhodopsine die 3762 atomen bevat. Loop Alanin door Mindy 1000 alanin.pdb alanin.psf alanin.paramsat de opdrachtregel te typen.

Geestig Gerelateerde software