Lap LAPD-programma schat de paarsgewijze afstanden voor een reeks eiwitsequenties.
Download nu

Lap Rangschikking & Samenvatting

Lap Tags

AFSTANDEN eiwitsequenties paarsgewijze afstanden schat afstanden LAPD paarsgewijs

Lap Beschrijving

LAPD-programma schat de paarsgewijze afstanden voor een reeks eiwitsequenties. LAPD-programma schat de paarsgewijze afstanden voor een reeks eiwitsequenties. De uitgang kan worden gebruikt in combinatie met andere fylogeny-programma's, zoals Phylip.a Special-functie is dat de gespecialiseerde tariefmatrices, geschat door modelestimator, als invoer naar het programma kunnen worden gebruikt. De methode wordt beschreven in een aanstaande papier. Gebruik: LAPD De Infile moet in Fasta, Stockholm of Phylip-indeling zijn. Output is een matrix van verwachte afstanden en, indien mogelijk, schattingen van standaardafwijking.opties: -indels verwijderen GAP-kolommen. Een kloof wordt aangeduid met '-'. -ML Bereken in plaats daarvan een maximale waarschijnlijkheidsschatting. Deze optie impliceert -sd. -SD voert geen matrix uit met standaarddeviaties na de afstandsmatrix. -id output% identiteit. -JC Gebruik een simplistische JUKES-Cantor-model. -Jck gebruik -jc, maar gebruik de correctie van Kimura. -jcs zoals -jck, maar met behulp van de correctie van Storm-Sonhammer. -Wag standaard. Gebruik de Wag Matrix (zie Wheelan en Goldman, 2001). -jtt Gebruik de JTT-matrix (zie Jones, Taylor, Thornton, 1992). -day Gebruik de Dayhoff Matrix (Dayhoff et al, 1978). - Gebruik de ARVESTAD-matrix. -MV Gebruik de Muller-Vingron Matrix (2000). -F Matrix- en evenwichtsverdeling uit het bestand lezen. -PFAM Gebruik een normale verdeling als afstand voorafgaand, geschat op PFAM 7.2. -S "Snelheid". Hoge snelheid resulteert in een lage precisie. Standaard is 5. Geldig bereik is . -V uitgebreid. Toon voortgangsinformatie op Stderr. -Ontave wijzen naar het octaaf binair om te draaien. 'Octave -Q' standaard. -D Debug-optie. Uitgang Octave-opdrachten naar stdout. -u, -h deze help tekst.

Lap Gerelateerde software