MCL-algoritme MCL-algoritme is een schaalbaar clusteralgoritme voor grafieken op basis van stochastische stroom.
Download nu

MCL-algoritme Rangschikking & Samenvatting

MCL-algoritme Tags

algoritme TROS clusteralgoritme Stochastische stroom Schaalbaar cluster mcl-algoritme

MCL-algoritme Beschrijving

mcl-algoritme is een schaalbare cluster algoritme grafieken op basis van stochastische stroming. mcl-algoritme is een schaalbare cluster algoritme grafieken gebaseerd op stochastische flow.The stromingsproces dienst van het algoritme mathematisch geluid en onlosmakelijk verbonden met clusterstructuur in grafieken, die geopenbaard als de afdruk achtergelaten door de werkwijze. De schroefdraad implementatie grafieken van maximaal een miljoen nodes afgehandeld binnen een paar uur, en wordt veel gebruikt op het gebied van eiwit familie analyse. Het komt met een uitgebreide lijst van broer of zus nut voor het behandelen en analyseren grafieken, matrices en clusterings.The MCL algoritme simuleert stromen gebruikt (alternerende) twee eenvoudige algebraïsche bewerkingen op matrices. De formule is eenvoudig en elegant. Er zijn geen hoog-niveau procedurele instructies voor het samenstellen, samenvoegen of splitsen groepen - clusterstructuur wordt via een bootstrap stroomproces die inherent beïnvloed door clusterstructuur aanwezig. De eerste operatie die door MCL expansie, die samenvalt met normale matrixvermenigvuldiging. Uitbreidingsmodules het uitspreiden van de stroom, het steeds homogener. De tweede inflatie, is wiskundig gesproken een Hadamard vermogen gevolgd door een diagonaal schaling. De inflatie modellen de samentrekking van de stroming, het steeds dikker in de gebieden van hogere stroom en dunner in gebieden van lagere stroom. Het MCL proces oorzaken stromen om zich te verspreiden in een natuurlijke clusters en verdampen inbetween verschillende clusters. Door het variëren van parameters, kunnen clusters op verschillende schalen van korreligheid te vinden. Het aantal clusters kan niet en hoeft niet te worden vermeld op voorhand, maar het algoritme kan worden aangepast aan verschillende contexten. De kwestie 'hoeveel clusters?' niet behandeld op willekeurige wijze, maar door sterke interne logica. Clusterstructuur laat zijn vlekken op het stromingsproces gesimuleerd door het algoritme, en de stroom parameters regelen de korreligheid van de cluster reliëf. De grens van de MCL proces (het proces gesimuleerd door het algoritme) is over het algemeen zeer schaars en iterands zijn schaars in een gewogen zin. Dit geeft de middelen om het algoritme drastisch schaal, waardoor een worst-case complexiteit van orde Nk ^ 2, waarbij N het aantal knopen van de invoer grafiek, en waarbij k een drempel voor het aantal bronnen per knooppunt toegewezen. De convergentiesnelheid van het MCL proces en projectie van de iterands daarna op de resulterende clustering geven haken voor clustering parametrering. De iterands van MCL proces structurele eigenschappen die een cluster interpretatie mogelijk maken, en die generaliseren de afbeelding van MCL beperkingen op clusters. De wiskundige verband met de MCL proces laat zien dat er een intrinsieke relatie tussen MCL proces clusterstructuur in grafieken. Dit is zeer waardevol gezien de vele heuristische benaderingen in cluster analyse. Wat is er nieuw in deze release: · Deze versie verbetert de ondersteuning voor het lezen en het transformeren van mRNA-array data. · MCL heeft een optie om sparsify ingang grafieken verworven, en analyse-modi zijn afsplitsing geweest en zijn nu beschikbaar als een modus in het clm programma. · Een bug in mcl-09-182 geïntroduceerd in de cluster interpretatie routines is opgelost. · De MCX programma kan nu stellen zowel knooppunt excentriciteit en betweenness centrale parallelized over meerdere machines en meerdere threads. · Kleine verbeteringen zijn aangebracht in de gehele suite van programma's.

MCL-algoritme Gerelateerde software