MPIBLAST MPIBLAST is een op MPI-gebaseerde parallelle implementatie van NCBI-ontploffing.
Download nu

MPIBLAST Rangschikking & Samenvatting

MPIBLAST Tags

parallel MPI MPI-implementatie Ncbi blast parallelle implementatie MPIBLAST

MPIBLAST Beschrijving

MPIBLAST is een op MPI-gebaseerde parallelle implementatie van NCBI-ontploffing. MPIBLAST is een op MPI-gebaseerde parallelle implementatie van NCBI-ontploffing. Het project bestaat uit een paar programma's die FORMATDB en Blastall vervangen door versies die Blast-taken parallel uitvoeren op een cluster van computers met MPI geïnstalleerd. Er zijn twee primaire voordelen aan het gebruik van MPIBLAST versus traditioneel blast.first splitst MPIBLAST de database in elk knooppunt in het cluster. Omdat het segment van elk knooppunt van de database kleiner is, kan het meestal in de buffercache verblijven, waardoor een significante snelheid wordt opgegeven vanwege de eliminatie van schijf I / O. Ten tweede kunnen Blast-gebruikers profiteren van efficiënte, goedkope beowulf-clusters, omdat interprocessor communicatie-eisen zijn ,.MpiBlast bereikt super lineaire versnelling in situaties waarin de database te groot is om in andere situaties in RAM te passen, en in de buurt van lineaire versnelling in andere situaties . Het vereist geen speciale cluster.Requirements: · MPIBLAST vereist dat een MPI-implementatie is geïnstalleerd. Twee gratis implementaties zijn: · MPICH - http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/ · lam / mpi - http://www.lam-mpi.org · In zijn meest voorkomende configuraties vereist MPIBLAST ook dat de computers een gedeelde opslagdirectory hebben. Dit kan een NFS-mount, Samba Share, AFS of een ander type gedeelde netwerkbestandssysteem zijn. De locatie van de gedeelde map moet worden opgegeven in het configuratiebestand ~ / .ncirc. · Om MPIBLAST uit de bron te bouwen, moet u ook een aanpassingsversie van de NCBI Toolbox compileren, beschikbaar op FTP://FTP.NCBI.NIH.GOV/TOOLBOX/NCBI_TOOLS/LIMITATIONS:· Er kunnen maximaal 250 databasefragmenten worden gemaakt Door mpiformatdb op de meeste systemen kunnen · kleine verschillen in de e-waarde tussen NCBI Blast en MPIBLAST bestaan als gevolg van numerieke instabiliteit in resultaatverwerking. De meeste resultaten zijn onaangetast. Wat is nieuw in 1.4.0-Pio Stable Release: · Deze release voegt parallelle I / O toe, wat nieuw is in 1.5.0 Beta 1 Development Release: · Geassorteerde verbeteringen en bugfixes. · Bijgewerkte afhankelijkheden op de NCBI Toolkit.

MPIBLAST Gerelateerde software