Nebseq Basis biologische reeks manipulaties
Download nu

Nebseq Rangschikking & Samenvatting

Nebseq Tags

Python-bibliotheek handelaar reeks biologisch biologische volgorde sequentie manipulaties

Nebseq Beschrijving

Basic Biological Sequence Manipulaties Nebseq is een Python-module voor basisbiologische reeks manipulaties.Import Zoals gebruikelijk >>> Import Nebseqrevse-aanvulling De enige opmerking hier is dat RevcomP de invoersequentie niet controleert om te zien of het eruit ziet als DNA of RNA. >>> Nebseq.RevComp ('ACGT') 'ACGT' >>> Nebseq.RevComp ('TTACC') 'GGTAA'AND Als we het afval geven, geeft het gewoon ons afval terug. >>> Nebseq.RevComp ('ZQ') 'QZ'TranslationDe vertaalfunctie moet de volledige ondersteuning van sequentie-vertaling mogelijk maken. Dit omvat dingen als het trimmen van de eerste paar basen en het gebruik van alternatieve vertaaltabellen. Er is ook ondersteuning voor de meer esoterische post Translationerende modificaties die in sommige genbankbestanden kunnen worden gevonden, evenals het vertalen van gedeeltelijke peptiden (voor dingen zoals fuzzy-coördinaten) .Basische vertaling: >>> Nebseq.translate ('ttggccaaggaacga', tabel = 11 ) 'Maker'showing de effecten van een gedeeltelijke peptide-vertaling. Standaard moet het eerste Codon een startcodon zijn volgens de geselecteerde vertaaltabel, zo niet, zo niet, het is geconverteerd naar een 'x' >>> nebseq.translate ('gcceag') 'xk' >>> nebseq.translate ('gcceag ', Partial = True)' Ak'Or We kunnen het eerste paar basen verwijderen voor fuzzy-coördinaten. >>> Nebseq.translate ('TTGCCAAG', Start = 2, Partial = True) 'AK'Modifications worden gespecificeerd als een (index, amino_acid) twee-tuple. Merk op dat modificatie-indexen worden opgegeven als een op één gebaseerde indexen in de aminozuursequentie. >>> nebseq.translate ('atgaaggaa', modificaties = ) 'Mue'Extraction-dequentie is voor wanneer u een deel van een grotere reeks wilt plakken. Dit is handig als u de NEBGB-module gebruikt en de definitie van locaties die geparseerd zijn op snaren zoals join (1..5,9..100). >>> Locatie = {'Type': 'Span', 'van': 4, 'naar': 10} >>> Nebseq.extract ('Accgttaccatagt', locatie) ('GTACCAT', (FALSE, FALSE)) >>> Locatie = {... "Type": "Complement", ... "Segment": {... "Type": "Join", ... "Segmenten": ... } ...} >>> Nebseq.Extract ('AccgtattctTctgggggacat', locatie) ('CCCCGAATACG', (FALSE, FALSE)) Vereisten: · Python

Nebseq Gerelateerde software