Neobio Neobio-project bestaat uit bio-informatica-algoritmen in Java.
Download nu

Neobio Rangschikking & Samenvatting

Neobio Tags

algoritmen biologie Biologie-algoritmen algoritmen uitlijning dynamisch programmeren NEOBIO

Neobio Beschrijving

Het project van Neobio bestaat uit bioinformatica-algoritmen in Java. Neobio-project bestaat uit bioinformatica-algoritmen in Java.What Algoritmen? De huidige versie bestaat voornamelijk uit (paarsgewijs) sequentie-uitlijningsalgoritmen zoals de klassieke dynamische programmeermethoden van noodleman en Wunsch (globale uitlijning) en Smith en Waterman (lokale uitlijning). Ja, een efficiëntere aanpak, als gevolg van Crochemore, is Landau en Ziv-Ukelson ook beschikbaar. Het maakt gebruik van LEMEL-ZIV-compressie om de berekening van de dynamische programmeermatrix te versnellen. Het is ook afhankelijk van het Smawk-algoritme, dankzij Aggarwal et al., Dat berekent alle kolom Maxima van een volledig monotone matrix in lineaire tijd. Hum ... en alle sequentie-uitlijningsalgoritmen ondersteunen eenvoudige scoringschema's en substitutiematrices als standaard Blosum en Pam-matrices. Maar tot nu toe ondersteunen ze alleen Constant Gap Penalty-functies. Toekomstige versies kunnen gerelateerde algoritmen bevatten, zoals meerdere sequentie-uitlijning, database-zoek- en eiwitstructuurvoorspelling.wow ... Last but not least, neobio biedt ook een eenvoudige GUI- en opdrachtregelgerelateerde hulpmiddelen om de sequentie-uitlijningsalgoritmen op DNA- en eiwitsequenties uit te voeren .

Neobio Gerelateerde software