Pathvisio Biologische routes eenvoudig weergeven en bewerken
Download nu

Pathvisio Rangschikking & Samenvatting

Pathvisio Tags

tekening biologisch biologische pathways trekken paden paden editor routes

Pathvisio Beschrijving

Gemakkelijk biologische routes weergeven en bewerken Pathvisio is een applicatie voor het weergeven en bewerken van biologische routes. In een Sense-Pathvisio kunt u paden tekenen zoals u in een tekenprogramma zou doen, zoals PowerPoint of Photoshop. Maar het verschil is dat Pathvisio de biologische context van een pad kan begrijpen, omdat je biologische entiteiten (genen of eiwitten) in je routes kunt koppelen aan biologische gegevens met behulp van database-identifiers. Dit laat je experimentele gegevens (bijv. Microarray-gegevens) en visualiseren het bovenop de route-tekening. Opmerking: Mapping Experimentele gegevens is nog niet een kenmerk van Pathvisio 1.1, maar u kunt dit doen in combinatie met GenMAPP of met extra plug-ins voor Pathvisio). Hier zijn enkele belangrijke functies van "Pathvisio": Een nieuw pad creëren: · Maak een nieuw pad door op CTRL + N te drukken of Bestand> Nieuw selecteren. Een leeg tekeninggebied wordt geopend waar u kunt beginnen met het bewerken van het pad. Als u een pad wilt opslaan, klikt u op Ctrl + S of Selecteer Bestand> Opslaan. Een bestaand pad openen: · Open een bestaand padway-bestand door op Ctrl + O te drukken of Bestand selecteren> Openen. Een bestandsbrowser wordt geopend waar u naar het gewenste pathway-bestand kunt navigeren. Op zoek naar paden: Met Pathvisio kunt u zoeken naar paden die een gegeven genproduct bevatten. U kunt op twee manieren pad zoeken: · GEN-symbool (gennaam) · Gene-ID (zoals gedefinieerd in de synoniemensdatabase) Zoeken op gensymbool: · Deze methode zoekt naar alle paden die een of meer genproducten bevatten waarvoor het gensymbool de opgegeven zoektekst bevat. Om alleen genproducten te vinden waar het symbool precies overeenkomt met de zoektekst, voegt u "" vóór en na de tekst (b.v. "TP53" toe om te zoeken naar exacte overeenkomsten van "TP53"). · Ga naar het tabblad Pathway Search in het zijpaneel of selecteer Bewerken> Zoeken paden. Kies in de zoekinterface Symbool in het zoeken op vervolgkeuzelijst. · Typ het GEN-symbool waarnaar u wilt zoeken in het veld Symbooltekst. · Kies de map die u wilt zoeken (submappen worden opgenomen) met de knop Bladeren. · Klik op de knop Zoeken om de zoekopdracht te starten. Zoeken op gen Identifier: · Deze methode zoekt naar alle paden die een of meer genproducten bevatten die overeenkomen met de gegeven identificator. GEN-producten die zijn gekoppeld via kruisverwijzingen in de synoniemeningsdatabase zijn ook inbegrepen. · Ga naar het tabblad Zoeken in het zijpaneel of selecteer Selecteer Bewerken> Zoeken. Kies in de zoekinterface ID in het zoeken op vervolgkeuzelijst. · Typ de gen-ID waarnaar u wilt zoeken in het veld ID-tekst. · Kies het databasesysteem waartoe de ID behoort (zie ook link naar databases). · Kies de map die de padbestanden bevat die u wilt zoeken (submappen worden opgenomen) met de knop Bladeren. · Klik op de knop Zoeken om de zoekopdracht te starten. Surfen zoekresultaten: · De zoekresultaten worden weergegeven in het zijpaneel. De resultaten tabel toont pathways met een of meer gen-producten die overeenkomen met het gezochte symbool of identificatie. Als u dubbelklikt op een pad in de tabel, opent Pathvisio dit route en markeert u de relevante genproducten met een groene omtrek. U kunt deze markering uitschakelen door Highlight-overeenkomsten uit te controleren. Vereisten: · Java 2 Standaard Edition Runtime-omgeving Wat is er nieuw in deze release: · Verbeterde algoritme voor automatische connectoren die naar een anker wijzen. · Verbeterde tekening van pijltypen die aan het einde een korte "gap" hebben. · Omdat de Thawte Freemail-service is geannuleerd, hebben we ons beveiligingscertificaat bijgewerkt · De Pathway History Viewer had een bug waarbij elke lijn werd gewijzigd, zelfs als het niet was. Dit is opgelost.

Pathvisio Gerelateerde software