Peptide :: Pubmed Peptide :: PUBMED is een PERL-module die peptidesequenties kan extraheren van Medline-artikel Abstracts.
Download nu

Peptide :: Pubmed Rangschikking & Samenvatting

Peptide :: Pubmed Tags

Perl-module extract extract peptidesequenties Medline Artikel Abstracts peptide

Peptide :: Pubmed Beschrijving

Peptide :: Pubmed is een Perl module die peptidesequenties uit MEDLINE abstracts artikel kan halen. Peptide :: Pubmed is een Perl module die peptidesequenties uit MEDLINE artikel abstracts.SYNOPSIS gebruik peptide :: Pubmed kan onttrekken; $ Parser = Peptide :: Pubmed-> new; $ In = {PMID => q , Author => q , Journal => q , Title => q , Abstract => q , Mesh => q Chemische => q }; $ Parser-> parse_abstract ($ in); # Ontvang de peptidesequenties in 1 letter symbolen (selecteren woorden wanneer de gecombineerde woord # / abstract score boven de drempelwaarde: # WordAbstScore> = WordAbstScoreMin): @seqs = $ parser-> get_seqs; afdrukken "@seqsn"; # Prints: 'EYHHYNK RGD'EXAMPLES # hetzelfde als hierboven, ingestelde drempel expliciet: $ parser-> WordAbstScoreMin (0,4); @seqs = $ parser-> get_seqs; # Set lage drempel om meer peptidesequenties te krijgen (maar tegen een vergoeding van het krijgen # meer false positives) $ parser-> WordAbstScoreMin (-1); @seqs = $ parser-> get_seqs; afdrukken "@seqsn"; # Prints: 'EYHHYNK RGD ACCCGTNA VEGFRI' # reset drempel terug: $ parser-> WordAbstScoreMin (0,4); # Krijgen meer data voor de abstracte: $ ab = $ parser-> get_abst; afdrukken "$ abst -> {AbstScore} n"; # Abstract score, in de interval print "$ abst -> {AbstMtext} n"; # Abstract sequenties gemarkeerd: # 'Peptidesequenties EYHHYNK en Arg-Gly-Asp, # maar niet ACCCGTNA of VEGFRI.' # Haal meer gegevens voor de woorden, in aanvulling op peptidesequenties: @words = $ parser-> get_words; voor mijn $ word (@words) {# gecombineerd woord / abstract score, in de interval print "$ word -> {WordAbstScore} n"; # Woord zoals gevonden in de abstracte, bijvoorbeeld 'Arg-Gly-Asp,' print "$ word -> {WordOrig} n"; # Peptidensequentie in 1 letter symbolen, bijvoorbeeld 'RGD' af te drukken "$ word -> {WordSequence} n"; } # Er zijn geen verplichte invoervelden. Dit werkt ook, maar kan een lagere score geven. $ In = {Samenvatting => q, }; $ Parser-> parse_abstract ($ in); @words = $ parser-> get_words; # Geen peptidesequenties gevonden in lege ingang: $ in = undef; $ Parser-> parse_abstract ($ in); @words = $ parser-> get_words; Vereisten: · Perl

Peptide :: Pubmed Gerelateerde software