Prosat eiwit residu annotation toolkit
Download nu

Prosat Rangschikking & Samenvatting

Prosat Tags

bouwer modellen eiwitsequentie Svm SVM-modellen aminozuurresiduen

Prosat Beschrijving

Eiwit residu annotatie toolkit Prosat is een set van programma's die het bouwen van SVM-gebaseerde modellen voor het annoteren van aminozuurresiduen in eiwitsequenties gebruiken met behulp van gebruiker geleverde functies (zoals PSI-BLAST-profielen of PSIPRED-profielen). In het bijzonder bouwt de toolkit functies op met behulp van een venster rond het residu, en is uitgerust met een gespecialiseerde kernel-functie (genormaliseerde tweede orde exponentiële kernel-functie NSO), samen met de standaard SVM-kernel-functie. * ProSat_Learn is het programma om te leren "n" one-versus-rustclassificatiemodellen, waarbij n het mogelijke aantal annotaties zijn. Het kan ook een ondersteuning vectorregressiemodel leren om een drijvende puntwaarde te voorspellen. * PROSAT_PREDICT is het programma om de annotatie voor elk residu uit de gebouwde modellen te voorspellen en een L XN-dimensieprofiel uit te voeren, waardoor de score uit elk van de N One-versus-Rest SVM-modellen voor elk aminozuurresidu wordt uitgevoerd, is de lengte van de eiwitsequentie. In het geval van een regressiemodel, is N = 1 * PROSAT_EVAL het programma om de verschillende parameters zoals kernel, vensterlengtes en regularisatieparameters te evalueren. PROSAT_EVAL voert automatisch kruisvalidatie uit en meldt de standaardclassificatie- en regressieprestaties. Gebruik alstublieft het PERL-script CV_Script.pl om automatisch modelselectie uit te voeren en het beste classificatie- of regressiemodel voor het probleem te trainen.

Prosat Gerelateerde software