Ssumme Programma's om taxonomische info toe te wijzen aan ladingen RRNA-sequenties
Download nu

Ssumme Rangschikking & Samenvatting

Ssumme Tags

Python opeenvolgingen tAXA

Ssumme Beschrijving

SSUMMO is een bibliotheek met functies die eromstandig zijn ontworpen met behulp van HMMER om sequenties toe te wijzen aan taxa. Resultaten zijn zeer geannoteerde bomen met de species / genuïverdeling binnen die community.programma's die bij de broncode zijn inbegrepen, omvatten hulpmiddelen voor: - een hiërarchische database van verborgen Markov-modellen - dictify.py; - toewijzen van sequenties aan erkende taxonomische namen - SSUMMO.PY ; - Analyseer biologische diversiteit, met behulp van Simpson, Shannon en andere methoden-rankabundance.py; - visualiseer resultaten als cladogrammen met een duidelijk vermogen om de gegevenssets gemakkelijk te vergelijken - vergelijken_results.py- converteert resultaten naar phyloxml-formaat: dict_to_phyloxml.py; HTML-vertegenwoordiging - DICT_TO_HTML.PY .- PLOT RAREFACTION CURVES EN CALBLUTE CORREPORTMENDE BIODIVERSITEIT INDIENINGEN Python Broncode wordt hier verstrekt, op Google Code. De vooraf gebonden hiërarchische database van HMMS, evenals een geoptimaliseerde SQL-taxonomie-database (gebruikt voor aftrek van elk taxon) kan worden gedownload van: - http://bioltfws1.york.ac.uk/sSummo/download/voor installatie-informatie, Raadpleeg de README. Voor gebruiksinformatie is er een WIKI (hierboven) en er is een voorlopige gebruikershandleiding toegevoegd aan de startpagina van de SVN-trunk.Product

Ssumme Gerelateerde software