Stadden-pakket Staden-pakket is een volledig ontwikkelde set DNA-sequentiesamenstelling, bewerkings- en analysetools.
Download nu

Stadden-pakket Rangschikking & Samenvatting

Stadden-pakket Tags

Data Analyzer reeks bijeenkomst DNA DNA-sequentie Sequence Assembly

Stadden-pakket Beschrijving

Staden-pakket is een volledig ontwikkelde set DNA-sequentiesamenstelling, bewerkings- en analysetools. Staden-pakket is een volledig ontwikkelde set van DNA-sequentiesamenstelling (GAP4), bewerkings- en analysetools (Draai) voor UNIX, Linux, MacOSX en MS Windows.On de GAP4-front zijn er verschillende kleine toetredingsverbindingen geweest in hoe deze in zoek is Interne joins en functionaliteit van de uitlijnenknop in de toetsing Join-editor.Also van consequentie aan GAP4 zijn de verschillende wijzigingen in IO_LIB (Thelibrary for All I / O naar verschillende traceerbestandsindelingen). Met de toevoeging van een nieuw HASH_EXP-programma maakt het nu voor experimentbestanden die samen worden becongeren en geïndexeerd. De lijst met experimentbestand NODESSJOUT STIL DOEN AAN GAP4, maar op voorwaarde dat de EXP_PATH-milieuvariabele correct is ingesteld GAP4 zal in staat zijn om individuele berenkingen uit het aangezichtde experiment te halen. Verbeteringen aan de gebruikersinterface voor dit nodig om te buigen.454 SFF-archieven worden nu beter ondersteund. De DEFSULT 454 INDICESNOW werkt, hoewel het HASH_SFF-programma kan worden gebruikt om de analternatieve indexingstrategie (mogelijk sneller in sommige gevallen) te verschaffen .GAP4 en Trev hebben ook nog een andere traceerweergave-stijl voor traces die 1 voorbeeldscan (x4 kanalen) per base-oproep hebben. In dit geval trekt het CanalSo 4 betrouwbaarheidswaarden in plaats van 1 per base. Met deze capaciteiten kunt u een betere integratie van Solexa-sporen toestaan wanneer u meer regelbaar is.Plus natuurlijk de gebruikelijke mix van bugfixes en kleine tweaks. Zie het Logboek van de wijziging voor details (via de SourceForge-site). Andere opmerkelijke wijzigingenGehalanceerd4 · Verschillende SNP-kandidatenverbeteringen. De "Correlation Offset" is nu instelbaar (dit bedient de gemiddelde correlatiescore die nodig is voordat groepen worden overwogen voor automatisch samenvoegen). SNP-basisroepen werken nu door een consensus te genereren in plaats van 100% identiteit te vereisen. Het slaat nu sequenties over die een Refs-nota bevatten. Het samenvoegen kan worden gedwongen totdat het aantal groepen kleiner is dan of gelijk is aan een vooraf bepaald bedrag (NB: niet gewoonlijk ideaal). · Shuffle-pads heeft nu een parameter "bandgrootte" voor de uitlijningen. Ook insect gefixeerd op verschillende plaatsen. · De Old Editor Shuffle-opdracht is vervangen door strippads. Het verwijdert nu alleen hele kolommen van Pads en doet helemaal geen padbeweging. · De toetsen Join Editor uitlijnen zal nu beter gaan met het hanteren van lange uitlijningen in herhaalde gegevens, hopelijk de "te lang vermijden voor praktisch gebruik van dynamische programmering" -bericht in dat gevallen. Het heeft nu ook "" knoppen aan beide zijden van de knop "Uitlijnen". Deze anker één einde van de uitlijning op de huidige overlappingspositie en vervolgens slechts van dat punt naar links of naar rechts afstemmen. Dit helpt om een uitlijning te forceren om te ankeren op een specifieke locatie die handig is bij het uitlijnen van gegevens bestaande uit meerdere herhaalde elementen. · Afstemming gevonden door het vinden van interne voegname nu rekening houden met de uitlijningscore. Dit betekent dat niet langer een 100BP overlapping op 100% identiteit wordt beschouwd als een betere overlap dan een 2KB overlapping bij 99% -identiteit. · Het venster Contig Navigatie heeft nu pagina omhoog en pagina omlaag-toetsenbindingen voor de vorige en volgende wedstrijd. Het heeft ook de mogelijkheid om traces automatisch weer te geven op de juiste regio's met behulp van de Contig-editors "Auto-Display Traces" -functionaliteit. · De venster "Weergavelijst weergeven" heeft nu een opslagknop.io_lib · Nieuwe programma's: HASH_EXP, HASH_SFF, APPEND_SFF, Extract_FastQ . · Trace_Path en Exp_Path-omgeving variabelen toegevoegd om te gebruiken in de voorkeur aan RawData (wanneer gedefinieerd). · Gebruikt nu Libcurl in plaats van wget voor veel snellere webgebaseerde tracering.

Stadden-pakket Gerelateerde software