Verrijken

Eiwitfunctionele analyse door verrijking en uitputting van varianten
Download nu

Verrijken Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • BSD License
  • Naam uitgever:
  • Douglas M. Fowler
  • Uitgever website:
  • http://depts.washington.edu/

Verrijken Tags


Verrijken Beschrijving

Eiwitfunctionele analyse door verrijking en uitputting van varianten Enrich is een Python-tool voor het analyseren van hoge doorvoersequentiegegevens uit een paar niet-geselecteerde en geselecteerde bibliotheken om fitnessschattingen te maken voor eiwit- of DNA-varianten in elke bibliotheek.enrich (eiwitfunctionele analyse door verrijking en uitputting van varianten) is een analysepijplijn voor het gebruik van Hoge doorvoer sequencing-gegevens om eiwitsequentie-functie-relaties te beoordelen. Enrich neemt FASTQ-bestanden als invoer, vertalen en identificeren van unieke eiwitsequenties en het berekenen van verrijkingsverhoudingen tussen bibliotheken voor elke sequentie. Enrich kan worden uitgevoerd vanaf de opdrachtregel of in een interactieve modus en is in staat om gecombineerde leesgegevens te gebruiken. Elke stap van de pijplijn kan afzonderlijk worden uitgevoerd of de volledige volgorde van stappen kan opeenvolgend worden uitgevoerd. Enrich maakt gebruik van DRMAA parallellate tijdrovende taken. Raadpleeg de volgende publicaties: zie de volgende publicaties: Hoge resolutie van eiwitsequentie-functie-relaties. Fowler DM, Araya Cl, Fleishman SJ, Kellogg EH, Stephany JJ, Baker D, Fields S. Nat-methoden. 2010 september; 7 (9): 741-6. EPUB 201015 augustus. Diepe mutatie scannen: het beoordelen van de eiwitfunctie op een enorme schaal. Araya CL, Fowler DM. Trends Biotechnol. 20119 mei 9. Eiwitfunctionele analyse door verrijking en uitputting van varianten (verrijken). Fowler DM, Araya Cl, Fields S. Manuscript in voorbereiding (E-mail D. Fowler voor een kopie) .DocumentationREAD De documentatieinstallatiesrich is geïnstalleerd met behulp van de Easy_Install-module die deel uitmaakt van SetUptools. Raadpleeg de documentatie voor instructies over het gebruik van Easy_Install om het verrijken te installeren. Vereisten: · Python


Verrijken Gerelateerde software

Over ons