Zaaimachine Motif Discovery in DNA-sequenties
Download nu

Zaaimachine Rangschikking & Samenvatting

Zaaimachine Tags

Perl-module perl opeenvolgingen DNA DNA-sequenties

Zaaimachine Beschrijving

Motief ontdekking in DNA-sequenties Zaaimachine is een PERL-module, een basisklasse en is niet bedoeld om zichzelf te worden geïnstantieerd. Seeeder is een raamwerk voor DNA Motif Discovery. Het is ontworpen voor efficiënte en betrouwbare voorspelling van regelgevingsmotieven in eukaryote promoters. Om DNA-motieven te genereren, hebt u één positieve set DNA-sequenties nodig in FASTA-indeling (geloven om een vergelijkbaar CIS-regulerend element te bevatten) en een achtergrondreeks van DNA-sequenties in FASTA-indeling. Om motieven in DNA-sequenties te ontdekken, volgt u deze sequentie : (1) Generatie van de index (deze structuur verbetert de prestaties van HD-berekening). Beperk de zaadbreedte tussen 6 en 8. Gebruik zaaimachine :: index; My $ Index = SEEDER :: INDEX-> NIEUW (SEED_WIDTH => "6", OUT_FILE => "6.Index",); $ INDEX-> GET_INDEX; (2) Generatie van de achtergrondverdelingen. Gebruik zaaimachine :: Achtergrond; Mijn $ Achtergrond = Zaaimachine :: Achtergrond-> NIEUW (SEED_WIDTH => "6", Strand => "Revcom", HD_IDEX_FILE => "6.Index", SEQ_FILE => "SEQS.FASTA", OUT_FILE => "SEQS. bkgd ",); $ Achtergrond-> Get_Background; (3) motief ontdekking. Gebruik zaaimachine :: Finder; Mijn $ Finder = SEEDER :: FINDER-> NIEUW (SEED_WIDTH => "6", STRAND => "REVCOM", MOTIF_WIDTH => "12", N_MOTIF => "1", HD_IDEX_FILE => "6.Index", SEQ_FILE => "Prom.fasta", bkgd_file => "Seqs.bkgd", out_file => "prom.finder",); $ finder-> find_motifs; Vereisten: · Perl

Zaaimachine Gerelateerde software