illaap Laboratoriumgegevensbeheer, analyse en protocolontwikkeling
Download nu

illaap Rangschikking & Samenvatting

illaap Tags

gegevensbeheer beheer analyse gegevens protocolontwikkeling gegevensanalyse

illaap Beschrijving

Laboratoriumgegevensbeheer, analyse en protocolontwikkeling Zowel kwantitatieve als hoge doorvoermicroscopie confronteert wetenschappers met de ontmoedigende uitdaging om heterogene gegevens op een gestructureerde en georganiseerde manier op te slaan. Onder de beschikbare oplossingen voor gegevensbeheer is er geen intuïtief bruikbaar systeem dat de volledige werkstroom van microscopie-experimenten dekt. Daarom hebben we de webtoepassing ILAP (laboratoriumgegevensbeheer, analyse en protocolontwikkeling ontwikkeld) die experimentele protocolontwikkeling combineert, op wizard gebaseerde gegevensverwerving en high-throughput-gegevensanalyse in één enkel, geïntegreerd systeem. Een unieke functie van de ILAP-software is dat het de experimentele ontwerpfase ondersteunt. De werkprotocollen die wetenschappers ontwikkelen voor natte laboratoriumexperimenten kunnen worden opgeslagen en gewijzigd binnen ILAP. Uiteindelijk leiden deze protocollen tot de verwerving van beeldgegevens. ILAP biedt vervolgens een wizard voor gegevensacquisitie om de wetenschapper te helpen bij het associëren van de verworven beeldgegevens met stappen in het protocol. Standaardisatie-initiatieven, zoals onkruipen voor DNA-fluorescentie in situ hybridisatie, kan worden ondersteund door de invoer van de vereiste parameters tijdens deze gegevensverwerving te handhaven. Verdere verwerking en analyse van de onbewerkte afbeeldingsgegevens kunnen worden uitgevoerd met analysemodules die specifiek zijn ontwikkeld binnen ILAP of met externe programma's van derden. Interessante visuele waarnemingen kunnen op elke plaats worden gedocumenteerd. We hebben ILAP gerealiseerd als een standaard drie tier bedrijfsapplicatie met behulp van state-of-the-art jee (Java platform, Enterprise Edition 5) softwaretechnologieën. Vanwege deze flexibele software-architectuur konden we een intuïtieve webinterface ontwikkelen, evenals een generieke zeep (eenvoudig objecttoegangsprotocol) - gebaseerde programmeerinterface. Met dit platform onafhankelijke programmeerinterface kunnen externe beeldverwerkingsapplicaties zoals ImageJ toegang krijgen tot de bestanden die zijn opgeslagen in ILAP. Computationally-intensieve taken zoals driedimensionale ontkoppeling van beeldstapels zijn transparant verdeeld over hoogwaardige computerinfrastructuur en resultaten worden opgeslagen in het onderliggende relationele databasebeheersysteem. Deze resultaten worden automatisch geassocieerd met de oorspronkelijke experimentgegevens. Om het gebruiksgemak te vergemakkelijken, is deze complexiteit van het gegevensbeheer en de IT-infrastructuur volledig verborgen voor de gebruiker. Illustratie is een open source-project dat vrij beschikbaar is voor de microscopie-gemeenschap. Het is uitgebreid getest in onze interne microscopie-faciliteit en continue gebruikersfeedback heeft geleid tot verbeteringen in functionaliteit, bruikbaarheid en responsiviteit. Een kenmerkende deugd van ILAP is dat het inherent leidt tot gestructureerde opname van experimenten, het behoud van de volledige experimentele context van gegevensrecords in de gehele geschiedenis van het onderzoeksproject. Vereisten: · Java 2 Standaard Edition Runtime-omgeving Wat is er nieuw in deze release: · Verbeterde bruikbaarheid en bugfixing · Voorbeeld Matrix voor alle bestanden die zijn aangesloten op experimenten, projecten en analysestappen · BigPreview voor bestanden in pop-upvenster · Vergelijking van protocollen · Fixed Critical FuL in Genome Usermanagement

illaap Gerelateerde software