metaseq Framework voor geïntegreerde analyse en plotten van chip / RIP / RNA / * - SEQ-gegevens
Download nu

metaseq Rangschikking & Samenvatting

metaseq Tags

Python-bibliotheek Python Data Analyzer Rust in vrede chip gegevensplotter

metaseq Beschrijving

Metaseq is een Python-framework dat het gemakkelijk maakt om te werken met een combinatie van chip-SEQ, RNA-SEQ of alles-SEQ.Example-gebruikszaken: - Matrix-plots: genereer een MXN-matrix (bijv. M = genen en n = Bakken, TSS +/- 1KB) die het chip-SEQ-signaal van van omhoog gereguleerde genen van een RNA-SEQ-experiment wordt vergeleken ten opzichte van gedekte gereguleerde genensteun voor parallelle verwerking, is het werkelijke aantal een balans tussen uw harde schijfsnelheid en het aantal kernen. Het signaal wordt rechtstreeks berekend uit de IP- en INPUT BAM-bestanden en het schalen naar de bibliotheekgrootte normaliseert de gegevens sinds het resultaat is een Numpy-array, het is triviaal voor, zeggen, sorteren op genexpressie of om kolomgeneën te nemen .- Clustergenen op basis van De ruimtelijke verdeling van chip-SEQ pieken rond hun TSSS. Een matrix kan worden gegenereerd met dezelfde interface als voor BAM-bestanden, met behulp van een bed of bigbed-bestand, in plaats daarvan, opnieuw resulterend in een Numpy-array voor verdere analyse-scatter-plot van DesEq-resultaten (Basemeana vs BasemeArb) waar punten worden gekleurd volgens het nummer van chippieken in het gen met behulp van callbackfuncties in Matplotlib, klikken op een punt, kunnen geneinformatie afdrukken, of kan zelfs een venster openen met een mini-genoom-browserweergave van die gen-cirkeldiagrammen van waar pieken vallen binnen geannoteerde genen - TSS , POLY-A SITE, INTRON, EXON, ENTERWAGE, de ingangen zijn standaardformaten - bed, GFF, GTF, BAM, SAM, DesEQ-resultaten zoals opgeslagen van R of zelfs willekeurige tab-gescheiden gegevensbestanden die een koptekst hebben. Als u de tijd neemt om te converteren naar Bigwig of BIGBED, zijn de prestaties verbeterd met Metaseq staan op de schouders van een groot aantal bestaande Python-pakketten om een flexibel, intuïtief en krachtig kader te bieden. Deze pakketten zijn onder meer: - Pysam voor het parseren van BAM-bestanden- BX-Python voor toegang tot Bigwig en Bigbed-bestanden-matplotlib voor snelle, interactieve en extreem flexibele plotten - Numpy voor snelle arrays-scikits.learn voor clustering (specifiek, de minibatch k- Betekent Implementation) - Pyebattools, een interface voor de Suite van Bedtools, voor flexibele en krachtige "genoom algebra" en manipulatie-gffutils voor fellectenniveau, een lichtgewicht database-framework voor het navigeren van de hiërarchie van gen Annotations (Exon -> Transcript -> Gen) in Een draagbaar formaat-cython voor het implementeren van computationeel intensieve code in CIN-toevoeging aan het leveren van de "lijm" tussen deze verschillende pakketten, metaseq levert ook Binning-code geschreven in Cython en helpers voor het paralleliseren van de homepage van de toegangspagina.

metaseq Gerelateerde software