pyfasta Pythonic-toegang tot fasta-sequentiebestanden
Download nu

pyfasta Rangschikking & Samenvatting

pyfasta Tags

Python-bibliotheek Python reeks fasta sequentie fasta

pyfasta Beschrijving

Pythonic Toegang tot Fasta Sequence-bestanden Pyfela is een bibliotheek die Pythonic-toegang biedt tot fasta-sequentiebestanden.usage: .. Sourcecode :: Python >>> Van Pyfasta Import Fasta >>> F = FASTA ('Tests / gegevens / drie_chrs.fasta') >>> gesorteerd (F.Keys ()) >>> F Fastagz (' Tests / Data / Three_Chrs.Fasta.gz ', 0..80) >>> F ' ACTGACTGAC ' # De index slaat het begin op en stop van elke kop van THE FASTA-bestand >>> F.Index {'CHR3': (160, 3760), 'CHR2': (80, 160), 'CHR1': (0, 80 )} # kan vragen door een 'feature' woordenboek >>> f.ingce ({'Chr': 'Chr1', 'Start': 2, 'STOP': 9}) 'CTGATGA' # met Reverse Complement for - Strand >>> F.ingce ({'Chr': 'Chr1', 'Start': 2, 'Stop': 9, 'Strand': '-'}) 'Tcagtcag' # Creëert een .gz en een .gdx augurk van de FASTA en de index. >>> import OS >>> gesorteerd (OS.LISTDIR ('Tests / Data /')) # Opruiming (hoewel voor echt gebruik deze blijven voor snellere toegang) >>> os.unlink ('tests / gegevens / drie_chrs.fasta.gdx') >>> os.unlink ('tests / gegevens / drie_chrs.fasta.gz') vereisten: · Python Wat is er nieuw in deze release: · Vlak het bestand niet elke keer opnieuw! · Laat spaties vóór en na de kop in de orginele fasta toe.

pyfasta Gerelateerde software