taxtenast Maken en onderhouden van fylogenetische "referentiepakketten" van biologische sequenties
Download nu

taxtenast Rangschikking & Samenvatting

taxtenast Tags

Python-bibliotheek Python biologisch Biologische sequenties opeenvolgingen

taxtenast Beschrijving

TaxTastic is Python-module die wordt gebruikt voor het bouwen en onderhouden van referentiepakketten - dwz collecties van referentiebomen, referentie-uitlijningen, profielen en bijbehorende taxonomische informatie .- QuickStart-full-documentationa-script met de naam TAXIT biedt een opdrachtregelinterface:% ./Taxit -Husage: TAXIT.PYC {info, rollback, Help, Create, Update, New_Database, Reroot, Taxids, Strip, Add_nodes, Rollforward, Check, TaxTable} ... Creatie , validatie en wijziging van referentiepakketten voor gebruik met`ppplacer` en gerelateerde software. Prositional argumenten: {info, rollback, help, maken, updaten, new_database, herder, taxidosten, strip, add_nodes, rollforward, cheque, taxTable} Hulp gedetailleerd Hulp voor acties met `Help` Add_Nodes Voeg nieuwe knooppunten toe aan een database met een taxonomie. Controleer de taxtenastische / subcommandelingen / check.py run een reeks diepere controles op een REFPKG. Dit subcommand is een wikkel rond de RefPKG-methode is_ill_formed. Info toon informatie over referentiepakketten. Creëren creëert een referentiepakket NEW_DATABASE MEEFT EEN CSV-bestand dat LINEAGES wordt beschreven voor een set van taxa-REROOD TABELIONOMISCHE REROOTS A REFERTION PAKE-update voegt of werkt bestanden of metdata bij in een REFPKG. Het Subcommand van de update neemt een REPPKG aan om op te werken en vervolgens een reeks wijzigingen in te leveren, uitgedrukt als sleutel = bestand. Dus om een bestand toe te voegen ../OveroDir/Boris onder de sleutel 'MEEP' en ABCD onder de sleutel 'Hilda' in een RefPKG 'My- Refpkg', zou je $ TAXIT-update my-Refpkg MEEP = .. / Otherdir / BORIS HILDA = ABCD Als er al een bestand onder een bepaalde sleutel bestaat, wordt deze overschreven. Taxit-update doorgeven De optie --metadata maakt het de metadata bij in plaats van bestanden. Om bijvoorbeeld het veld Auteur in te stellen op "Genghis Khan" en de versie tot 0.4.3, voert u $ TAXIT-update --metadata "Author = Genghis Khan" -versie uit = 0.4.3 Taxids opzoeken een set van taxi's van taxonomische namen belastbaar Creëert een CSV-bestand dat wordt beschreven van lineages voor een set van taxistrook verwijdert alle rollback- en RollForward-informatie en bestanden die niet zijn aangesloten op de huidige toestand van een REFPKG. $ TAXIT Strip My-RefPKG Rollback Rollback Een RefPKG om de vorige opdracht ongedaan te maken. $ TAXIT ROLLBUCK MY-REFPKG U kunt -N # specificeren om het aantal bewerkingen op te geven om terug te rollen (standaardwaarden van 1), zoals in $ belastingrollback -N 3 My-RefPKG Rollforward Rollforward Een opdracht aan een REFPKG. $ TAXIT RollForward My-RefPKG U kunt -N # ook specificeren om het aantal bewerkingen op te geven om naar voren te rollen (standaardinstellingen van 1), zoals bij $ TAXIT ROLLFORWARD -N 3 MY-REFPKGOPTIONAAL ARGUSSEN: -H, --HELP Toon deze hulp Bericht en afsluiten -V, --Versie Print het versienummer en de afslag -V, --Verbose Verhoging Verbendigheid van het schermuitvoer (bijv. -V is uitgebreid, -VV meer) -Q, --Hiet onderdrukt afsluiting: TAXIT. PYC Product's Homepage

taxtenast Gerelateerde software