Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Geheugen BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Memory is een implementatie van de geheugen van BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel.
Download nu

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Geheugen Rangschikking & Samenvatting

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Geheugen Tags

Perl-module implementatie In-geheugen implementatie in het geheugen

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Geheugen Beschrijving

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Memory is een implementatie van het geheugen van BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel. BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Memory is een in-geheugen implementatie van BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel.Synopsis Gebruik Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel; # Open de sequence-database My $ DB = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: WINDING-> NIEUW (-ADAPTOR => 'MEMORY', -DSN => '/ VAR / DATABASES / TEST'); # Zoeken ... door id my @features = $ db-> fetch_many (@list_of_ids); # ... op naam @features = $ db-> get_features_by_name ('ZK909'); # ... door alias @features = $ db-> get_features_by_alias ('SMA-3'); # ... op type @features = $ db-> get_features_by_name ('gen'); # ... op locatie @Features = $ DB-> Get_features_By_Location (-Seq_ID => 'CHR1', - Start => 4000, -END => 600000); # ... by attribuut @features = $ db-> get_features_by_attribute ({beschrijving => 'eiwit kinase'}) # ... door het veld GFF "Opmerking" @result_list = $ db-> search_notes ('kinase'); # ... door willekeurige combinaties van selectors @features = $ db-> functies (-Name => $ naam, -type => $ typen, -seq_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ einde, -attributes => $ attributen); # ... met behulp van een iterator mijn $ iterator = $ db-> get_seq_stream (-naam => $ naam, -type => $ typen, -seq_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ einde, -attributes => $ attributen); Terwijl (mijn $ functie = $ iterator-> next_seq) {# doe iets met de functie} # ... beperken van het zoeken naar een bepaalde regio mijn $ segment = $ db-> segment ('Chr1', 5000 => 6000) ; Mijn @Features = $ segment-> functies (-type => ); # Het krijgen en opslaan van sequentie-informatie # WAARSCHUWING: dit retourneert een touwtje, en geen primarseq-object $ DB-> Insert_-dequentie ('CHR1', 'GATCCCCGGGATTCCAAAA ...'); mijn $ sequence = $ db-> fetch_quate ('Chr1', 5000 => 6000); # Maak een nieuwe functie in de database My $ Feature = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mRNA', -SEQ_ID => 'chr3', -start => 10000, -end => 11000); Vereisten: · Perl

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: Geheugen Gerelateerde software