Apbs Software voor het evalueren van de elektrostatische eigenschappen van biomoleculaire systemen van Nanoschale
Download nu

Apbs Rangschikking & Samenvatting

Apbs Tags

evalueren evaluator elektrostatische interactie elektrostatisch

Apbs Beschrijving

Software voor het evalueren van de elektrostatische eigenschappen van nanoschaal biomoleculaire systemen APBS is een softwarepakket voor de numerieke oplossing van de Poisson-Boltzmann-vergelijking (PBE), een van de meest populaire continuümmodellen voor het beschrijven van elektrostatische interacties tussen moleculaire opgeloste opgelaten in zout, waterig media.apbs's doel is om elektrostatische eigenschappen efficiënt te evalueren voor dergelijke simulaties Bij een breed scala van lengteschalen om het onderzoek van moleculen met tientallen tot miljoenen Atoms.Continuum-elektrostatica mogelijk te maken, speelt een belangrijke rol op verschillende gebieden van biomoleculaire simulatie, waaronder: - Simulatie van diffusionale processen om ligand-eiwit en eiwit te bepalen -Protein-bindende kinetiek, - impliciete oplosmiddelmoleculaire dynamiek van biomoleculen, - solvation en bindende energieberekeningen om het ligand-eiwit- en eiwit-eiwit-evenwichtbindingsconstanten en hulp in rationele geneesmiddelontwerp, - en biomoleculaire titratiestudies te bepalen.Note: APBS is gelicentieerd en gedistribueerd onder de voorwaarden van de BSD-licentie en MIT-licentie. Wat is er nieuw in deze release: Nieuwe functies: · Verplaatst APBS-gebruikershandleiding en tutorial naar MediaWiki · Toegevoegd aan ondersteuning voor OpenMPI voor parallelle berekeningen · Toegevoegd in opdrachtregelondersteuning voor OPAL-taak-inzendingen (code door Samir Unni) · Toegestane padnaam met spaties in het invoerbestand, zolang de hele padnaam in offertes is ("") · Gedocumenteerde 'Make Test' en gerelateerde functies Modificaties: · Wijzigde de functie BCCALC tot maart door de data-array lineair bij het instellen van de omstandigheden. Dit verwijdert duplicatie van rasterpunten aan de rand van de array en de hoeken. · Verduidelijkde documentatie over de ID's die zijn toegewezen aan invoerkaarten, PQR's, parameterbestanden, enz. · Bijgewerkte tutorial om te waarschuwen tegen spaties in APP's werkdirectory pad in VMD; Bijgewerkte gebruikershandleiding om te waarschuwen tegen spaties in APBS-installatiepad op Windows · 'MAKE TEST' is opnieuw geconfigureerd om te rennen voordat u installeert (kan worden uitgevoerd vanaf de bovenste directory) · Verwijderd gereedschap / visualisatie / VMD uit gereedschap in plaats van ingebouwde ondersteuning in VMD · Padlengtes kunnen nu groter zijn dan 80 tekens · Uitbreidelde auteurschapslijst · Toegevoegd in 'Maak Test-Opal' als een postinstallatie-test (uitloop van de voorbeelden installeergids · Toegevoegd extra concentraties aan eiwit-RNA-testcase om de experimentele omstandigheden te omvatten die worden gebruikt door Garcia-Garcia en Draper; Dit verbetert de overeenstemming met de gepubliceerde gegevens BUGFIXES: · Vaste typefouten in de gebruikershandleiding (ionenwoord) en verduidelijkt SMPBE sleutelwoordgebruik · Fixed Typo in de gebruikershandleiding (Writemat: power -> Poisson) · Bijgewerkte PSize.py met Robert's Patch om inconsistente toewijzing van fijne rasternummers in sommige (zeer) zeldzame gevallen vast te stellen · Vaste bug met toewijzing van de grensvoorwaarde. Dit kan mogelijk alle berekeningen beïnvloeden; Waarschijnlijk heeft echter een beperkte impact: veel testcases gaf identieke resultaten na de bugfix; De grootste verandering in waarde was <0,07%.

Apbs Gerelateerde software