Associatiewerper Bekijk eenvoudig SNP's in een generieke context
Download nu

Associatiewerper Rangschikking & Samenvatting

Associatiewerper Tags

visie Scherm view snp SNP-viewer DISPLAY SNP snurk

Associatiewerper Beschrijving

Gemakkelijk SNP's bekijken in een generieke context Associatievijker is een gratis en open source Java-aanvraag die wordt gebruikt om SNP's in een genetische context weer te geven. Verbetalingsgegevens (zoals genen of LD-plots) wordt gedownload van verschillende openbare gegevensbronnen onderweg en lokaal opgeslagen in een cache. Aangepaste gegevens kunnen worden toegevoegd als aanvullende tracks. Hier zijn enkele belangrijke functies van "AssociationViewer": · Display SNPS en hun P-waarden in een genetische context, vergelijkbaar met gebruikelijke genoombrowsers · Automatisch aanvullende informatie downloaden van ensembl / biomart · Hapmap LD-plots weergeven (die momenteel uit CEU-populatie komen) · Maak rapporten (gemaakt van een of meerdere interessegebieden), die later opnieuw kan worden geladen · Print en exporteer het display naar verschillende gegevensindelingen · Importeer extern gegevensbestand zoals bed of wiebelen als aanvullende nummers · Vereist geen lokale kopie van gegevens of gegevensbron, behalve het primaire bestand van SNP's en hun respectieve P-waarden · Gebruikers kunnen in realtime scrollen en door hun gegevens bladeren · Klein in grootte (AssociationViewer zelf is minder dan 500 kb, minder dan 5 MB met de vereiste bibliotheken) · Gedownloade gegevens worden lokaal in een cache bewaard voor snellere toegang · Vanwege de cache is de geheugenbehoefte redelijk en moet in de loop van de tijd constant zijn (vanaf het moment dat SNPS wordt geladen tot op het moment dat de toepassing is gesloten) Vereisten: · Java 1.6 · Een minimum van 1024 x 768 schermresolutie · Een werkende internetverbinding · 256 MB RAM Wat is er nieuw in deze release: bugs gefixed: · 2816294: Potentiële bug bij het controleren van externe gegevensbronnen. · 2816154: bug met betrekking tot recente hapmap-wijzigingen. Functies geïmplementeerd: · 2728254: nieuw formaat (XML) Ondersteund voor tijdreeksen, zie AssociationViewer PDF-documentatie voor specificaties. · 2590069: lege tracks (geen gegevens op het geselecteerde chromosoom) worden niet weergegeven. · 2378292: Nieuwe bibliotheek (FreeHEP) Brengt nieuwe exportfuncties voor zowel bitmap- als vectorformaten. · 1969368: Dit is gekoppeld aan de vorige nieuwe functie. Vector-indelingen kunnen worden gebruikt om de uitvoerresolutie te verhogen.

Associatiewerper Gerelateerde software