BAND Een gebruiksvriendelijk JAVA-programma dat eiwitten uitlijnen bij sequentie en 3D-structuur
Download nu

BAND Rangschikking & Samenvatting

BAND Tags

eiwit uitlijnen Biologie Eiwit uitlijnen mRNA-sequentie eiwit annotatie

BAND Beschrijving

Een gebruiksvriendelijk Java-programma dat eiwitten uitlijnen op volgorde en 3D-structuur Riem is een platformonformaatprogramma dat de gelijktijdige analyse van honderden eiwitten ondersteunt en aminozuursequentie, 3D-structuur en genomische en mRNA-sequentie, secundaire structuur en residu-annotatie integreert. De uitlijning kan worden geëxporteerd en gewijzigd in MS-Word of andere tekstverwerkers De meegeleverde tutorial zal het gebruik van riem in slechts één uur onderwijzen. De schriftbaarheid en verlengbaarheid maken riem een zeer krachtig hulpmiddel voor zelfs de meest geavanceerde gebruikers. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "riem": · Berekening van sequentie-uitlijning · Berekening van Wiki: 3D-superposities (voorbeelduitgang) en structuur gebaseerd meerdere uitlijningen van eiwitten met PUBMED: TM-Sign of CE of Gangsta + 3D-Superposition. Gecombineerde sequentie-structuuruitlijning. · 3D-visualisatie met behulp van Wiki: Pymol of Wiki: JMOL of Rasmol en VMD. In voorbereiding: Yasara benadrukt mutaties, wiki: SNPS, WIKI: Exon-intron-grenzen of regio's met een hoge reeksconservatie in 3D. Instant cross-selectie tussen 3D-objecten, sequenties en uitlijningen · Wiki: Blast Search inclusief "Blast Alert" · Voorspelling: Wiki: transmembraan-helices, wiki: secundaire structuren en wiki: opgerolde spoel · Vertaling van nucleotidesequenties tot aminozuursequenties. Uitgang van aminozuuruitlijningen als nucleotide-uitlijning. · Proteïnevormen: Wiki: SwissProt, Wiki: PDB, Wiki: Fasta, MSF, Biowiki: Stockholm, Wiki: Clustalw, Wiki: Nexus, HSSP Wiki: Genbank, EMBL · Phylogenetische bomen met ATV, Wiki: Jalview en GeneEee · Residuannotaties en nucleotide-annotaties Wiki markeren: reguliere uitdrukkingen (d.w.z. prosite-patronen) met behulp van Wiki: Incremental Search and Wiki: Sequence Feature from Wiki: DAS Servers: Trillende SEQUENTIE-uitlijningen door lage sequentie gelijkenis door: · 3D-superpositie van C-alfa-atomen met CE- en TM-uitlijnen om ruimtelijke equivalente resten te markeren · Dotplot · Intermediaire sequenties · Gemengde sequentie-uitlijning en eiwitstructuuruitlijning · Wiki: plug-ins zijn uitbreidingen voor riem van ontwikkelaars van derden. Vereisten: · Java · Compilers voor objectief-C en fortran

BAND Gerelateerde software