Beffen Conflex - een programma in staat om de conformationele ruimte van een flexibel molecuul te doorzoeken om elke optimale structuur te vinden
Download nu

Beffen Rangschikking & Samenvatting

Beffen Tags

chemisch drugs ontdekking ontdekking van medicijnen chemische technologie Conformatie Zoeken

Beffen Beschrijving

Conflex - een programma dat in staat is om de conformationele ruimte van een flexibel molecuul te doorzoeken om elke optimale structuur te vinden Uniek voor Conflex is de mogelijkheid om de conformatieve ruimte van een flexibel molecuul volledig te doorzoeken om elke optimale structuur van chemisch significante conformatoren te vinden. Conflex, in tegenstelling tot andere geometrie-optimalisatie-toepassingen, bepaalt niet alleen lokaal geoptimaliseerde structuren die afhankelijk zijn van een initiële structuurinvoer door de gebruiker. Het gebruik van verschillende unieke strategieën, kan Conflex explexen uitputtend op basis van de meest stabiele structuren: · downstream / reservoir- Vullen · Een variabele zoeklimiet · Drie modi van verstoring (unieke hoekflap, randzijde en stapsgewijze rotatie) · Rekeningsresultaten van pre-checkconflex kunnen worden uitgevoerd in verschillende indelingen die hun gebruik in aanvragen voor AB-initio-berekeningen of visualisatie-applicaties kunnen worden uitgevoerd Zoals Barista.Here zijn enkele belangrijke kenmerken van "Conflex": · Exputive Conformation-zoekopdrachten · Snel en zeer nauwkeurig · handvatten grote moleculen · Parallelle computeroptie · Beschikbaar als stand-alone motor of met Barista-interface · Betaalbare licentievlinten. REQUIRINGEN: · Redhat Linux 7.1 en hoger · 1.0 GHz-processor en omhoog · 40 GB schijfruimte · MEMORY 256MB MinimumLimitaties: · U moet een e- Mail om een proefperiode van 30 dagen te ontvangen. Wat is er nieuw in deze release: · Crystal Packing of Conformers · Vervang aminozuurresiduen · Solvent-effect · Conflex kan nu de energie berekenen met behulp van het gegeneraliseerde geboren oplosmiddelmodel (GB / SA). · Force Field-opties · Quasi-interactie · Gebruikers kunnen het quasi-interactie-effect toevoegen aan het FORCE-veld. Gebruikers kunnen ook extra beperkingen bevatten om de structurele informatie op te geven. · Puntkosten · Gebruikers kunnen de puntkosten op elk atoom definiëren. Voor Gaussiaanse gebruikers kan men de gedeeltelijke lading toepassen die door Gaussian berekend zijn en de elektrostatische interacties schatten. · Structuur optimalisatie-opties · Schakel tussen snelle en nauwkeurige structuuroptimalisatie · Convergentie en iteratie · Gebruikers kunnen de convergentiecriteria en iteratiecellen opgeven voor elke optimalisatiemethode. · CONFORMATIE-zoekoptie · Conflex erkent de R / S-configuraties van chirale atomen en E / Z van dubbele bindingen. Gebruikers kunnen nu uw eigen absolute configuratie van atomen toevoegen. · Peptide-obligatieoptie · Conflex herkent de roteerbare obligaties en voegt deze toe aan de stapsgewijze rotatieslijst. Gebruikers kunnen de peptide-obligaties (CO-NH), PHI-PSI-obligaties (conh-ca-conh) of zijketenbindingen uit een stapsgewijze rotatielijst uitsluiten. · Normale modus Dynamics-analyse · Door meerdere vibrationele modus te combineren, analyseert Conflex Molecular Dynamics. Dit stelt gebruikers in staat om een reactie- of vouwpad enz. Te analyseren

Beffen Gerelateerde software