Ccdeep Chromatine-conformatie Diepe analyse
Download nu

Ccdeep Rangschikking & Samenvatting

Ccdeep Tags

analyseren conformatie

Ccdeep Beschrijving

Met de Chromatin Conformation Deep Analysis (CCDeep) -tool kunt u de chromatine-conformatie-sequentiegegevens van HI-C-experimenten analyseren. CcDeep kan de gegevens verwerken op basis van verschillende factoren: · Filters uit -equenties met lage kwaliteit, gebaseerd op hun verre mapping van de geselecteerde restrictie-enzymplaats of hun bijlage aan regio's met een lage mappencabiliteit · Produceert een opsomming en kwantificering (rauw en genormaliseerd) van paren fragmentuiteinden · Samenvatting van de visualisatie van de vooringenomen kwantificering (GC-inhoud, fragmentlengte en mappabiliteit) Gedetailleerde instructies over het installeren en gebruiken van het CCDep-hulpprogramma op uw MAC zijn hier beschikbaar. CcDeep is cross-platform en het werkt op Mac OS X en Linux. Binaries voor het Linux-platform zijn beschikbaar op de startpagina van het project.

Ccdeep Gerelateerde software