Clans Geeft het paarsgewijs overeenkomsten voor FASTA-formaatsequenties weer
Download nu

Clans Rangschikking & Samenvatting

Clans Tags

ONTPLOFFING gelijkenis fasta-sequentie fasta sequentieovereenkomst Blast Search

Clans Beschrijving

Geeft het paarsgewijs overeenkomsten voor FASTA-formaatsequenties weer Clans is een gratis software die niet-gealigneerde FASTA-formaatsequenties een invoer neemt, voert alles tegen-alle Blast-zoekopdrachten uit en geeft de paarswise overeenkomsten in 2D- of 3D-grafieken weer. In tegenstelling tot fylogenetische afferentiemethoden maakt deze aanpak gebruik van niet-gealigneerde sequenties en werkt beter, hoe meer sequenties worden verstrekt als een toename van het aantal paarsgewijze overeenkomsten betere gemiddeld de kans op de kans die standaard explicativerizing is. In het algemeen helpt de kennis van "homologie" in het algemeen Bij het formuleren van een hypothese, zoals waarschijnlijk, zal een aantal functionele annotatie beschikbaar zijn voor ten minste enkele van de nauwe of meer verre homologen, de kennis van schijnbare co-expressie helpt een stuk minder voor microarray-gegevens. Dit vanwege twee problemen. Allereerst is er de enorme hoeveelheid genen die aanwezig zijn op de microarray-chip en het, in het algemeen een laag aantal experimenten en / of replicates die worden uitgevoerd. De waarschijnlijkheid van twee genen die co-expressie tonen, ook al zijn ze op geen enkele manier causaal gerelateerd, relatief hoog. De tweede is dat wetende dat een groep genen co-express niet helpt zonder op zijn minst een idee te hebben van wat sommige van hen doen. Daarom moeten we extra gegevens bevatten, zoals functionele annotatie, cellulaire lokalisatie of pathway-informatie. Vereisten: · Java 1.5 of later

Clans Gerelateerde software