Cytoscape Open Source Bioinformatics Softwareplatform voor het visualiseren van moleculaire interactienetwerken en biologische routes
Download nu

Cytoscape Rangschikking & Samenvatting

Cytoscape Tags

visualiseren visualisator visualiseren molecuul Interaction Network Visualizer visualisatie van genen Interaction Network

Cytoscape Beschrijving

Open Source Bioinformatics Softwareplatform voor het visualiseren van moleculaire interactienetwerken en biologische routes Cytoscape is een open source bioinformatics softwareplatform voor het visualiseren van moleculaire interactienetwerken en biologische routes en integratie van deze netwerken met annotaties, genexpressieprofielen en andere staatsgegevens. Hoewel cytoscape oorspronkelijk is ontworpen voor biologisch onderzoek, is het nu een algemeen platform voor complexe netwerkanalyse en visualisatie. Cytoscape-kerndistributie biedt een basisreeks functies voor gegevensintegratie en visualisatie. Extra functies zijn verkrijgbaar als plug-ins. Plug-ins zijn beschikbaar voor netwerk- en moleculaire profileringanalyses, extra bestandsindeling, scripting, nieuwe lay-outs en aansluiting met databases.Plugins kunnen worden ontwikkeld door iedereen die gebruik maakt van de open API van Cytoscape op basis van de Java-technologie en de ontwikkeling van de plug-incommunity wordt aangemoedigd. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "cytoscape": Ondersteunt vele normen: · Cytoscape ondersteunt veel standaard netwerk- en annotatiebestandsindelingen, waaronder: SIF (eenvoudig interactieformaat), GML, XGMML, Biopax, PSI-MI, SBML, OBO en GEN Association. Afgebakende tekstbestanden en MS Excel-werkmap worden ook ondersteund en u kunt gegevensbestanden importeren, zoals expressieprofielen of ANNOTATIES, gegenereerd door andere toepassingen of spreadsheetprogramma's. Met behulp van deze functie kunt u arbitraire attributen op knooppunten, randen en netwerken laden en opslaan. Voer bijvoorbeeld een reeks aangepaste annotatievoorwaarden in voor uw eiwitten, een reeks vertrouwenswaarden voor uw eiwit-eiwitinteracties. Webserviceclients: · Cytoscape werkt als een webserviceclient. Dit betekent dat CytoScape direct verbinding kan maken met de externe openbare databases en netwerk- en annotatiegegevens importeren. Momenteel worden Pathway Commons, Intact, Biomart, NCBI Entrez Gen en Picr ondersteund. En we blijven nieuwe serviceclients ontwikkelen voor populaire databases. Interoperabiliteit: · Sinds CytoScape ondersteunt het importeren / exporteren standaard bestandsindelingen, kunt u eenvoudig cytoscape in uw workflow plaatsen. Als u bijvoorbeeld een netwerkgegevens hebt gegenereerd door Iigraph of Bioconductor, kan Cytoscape het bestand als een teksttabel laden en kunt u deze exporteren in PSI-MI-indeling voor andere bio-informatica-tools of uw eigen programma's / scripts. Sessiebestand: · U kunt uw werk opslaan door een enkele klik. Alle instellingen, gegevensbestanden en visualisaties zijn verpakt in een sessiebestand. Het wordt Cytoscape Session (.cys) -bestand genoemd. Cytoscape-sessiebestand bevat netwerken, kenmerken (voor knooppunt / rand / netwerk), desktopstaten (geselecteerde / verborgen knooppunten en randen, venstermaten), eigenschappen, sommige staten van plug-in en visuele stijlen. Vereisten: · Java SE 5 of later

Cytoscape Gerelateerde software