De Chemistry Development Kit gratis download, De Chemistry Development Kit download op software download

Open source Java-bibliotheek voor computational chemie The Chemistry Development Kit (CDK) is een Java-bibliotheek voor bio- en chemoinformatics en computationele chemie. De Chemistry Development Kit is de basis van andere projecten zoals JChemPaint, SENECA, Jmol en NMRShiftDB. Vereisten: · Java Wat is er nieuw in deze release: · Vaste naam param · Bijgewerkt de makefp3d doelstelling om werk met de huidige bouwsysteem · Het opzetten van een tak van de 1.2.4 versie · Correcties bug 2898399. Geef de SMARTS parser juiste matching expliciete waterstofatomen (waaronder H, 1 H, 2H en 3H) verwerken. SMARTSQueryVisitor bijgewerkt om rekening te houden met verschillende isotopen van H. ook bijgewerkte unit tests om rekening te houden H juiste matching. Toegevoegd unit test om verdere controle H matching. · Toegevoegd tests om waterstof te passen · Herwerkte de tests voor bug 2898032. Bijgewerkt javadocs voor een glimlach generator · Toegevoegd unit test om te bevestigen en controle voor bug 2898032 · Bijgewerkt UIT om enkel atoom queries te behandelen en een unit test voor bug 2888845. voegde ook bijgewerkt javadocs om specifiek nota gedrag van enkel atoom queries · Toegevoegd generatie van java bron potten · Vaste matchers naar XML zonder nieuwe lijnen aan te brengen (sluit # 2.832.835) · Toegevoegd unit tests voor het opsporen van PubChem XML-bestanden. · Overschrijven unit tests, omdat er geen wijzigingsgebeurtenissen circuleert heeft voor het NoNotification interfaces te · Toegevoegd ontbrekende unit tests voor IChemModel event propagatie voor het veld iCrystal · Vaste propagatie van verandering gebeurtenissen IChemModel Bij wijzigingen in kind IChemObjects · Vaste unit tests: de IChemModel.setFoo (null) zou eigenlijk eens gebeurtenis change de luisteraar de IChemModel, en niet naar ongedaan van de Foo object. · Toegevoegd unit test om de functie van de nieuwe IO instelling te dwingen 2D coördineren output. · Toegevoegd schrijver IO optie om geweld te schrijven van 2D-coördinaten als er geen 3D-coördinaten aanwezig zijn ook, die nu bij voorkeur uitgevoerd. · Toegevoegd unit test om te controleren of als 2D- en 3D-coördinaten beschikbaar zijn, de 3D-coördinaten worden uitgevoerd. · Vaste Taglets: alleen HTML terug te keren als de Tag echt wordt gegeven; de methode toString () wordt gegeven voor alle gevallen, niet alleen wanneer de tag wordt gevonden · FIXEDEr bug die werd veroorzaakt verschillende delen van de DescriptorEngine te mislukken - het was het proberen om een niet-descriptor klasse die toevallig in de descriptor pakket directory te verblijven instantiëren. Deze correctie is een beetje klungelige - idealiter alleen descriptoren moet worden in die map · Fixes ClassCastException wanneer niet IMolecule · Upgrade naar PMD 2.4.5 met veel bug fixes, het geven van meer accurate foutmeldingen · Toegevoegd ontbrekende afhankelijkheid van cdk-diff, wordt gebruikt in een van de unit tests · Vaste methoden namen die in de test klasse overeenkomen · Vaste naam testmethode is om de verwachte patronen overeenkomen, de vaststelling van een dekking test niet halen · Verwijderd dubbele code: MolecularFormulaTest strekt zich nu uit AbstractMolecularFormulaTest · Vaste testmethode annotatie te wijzen op de juiste wijze · Toegevoegd ontbrekende @TestMethod annotatie · Toegevoegd modules die ontbraken uit de PMD testen · Toegevoegd modules die ontbraken de DocCheck testen · Patch voor bug 2843445. heeft tot doel fix generatie van NaN coördinaten door SDG · Zet het toestel test geen 'invoer moet merk ondersteunen' uitzondering op sommige platforms, door het wikkelen van de inputlijn in een BufferedInputStream geven. · Toegevoegd missende afhankelijkheden · Toegevoegd ioformats om modules te testen · Gebruik StringBuilder om het veld gegevens, die een enorme performance boost voor SD-bestand waarin meerdere regels veld data wordt gevonden geeft aggregeren. · Gebruik StringBuilder om het veld gegevens, die een enorme performance boost voor SD-bestand waar zeer veel veldgegevens geeft, net als de ChEBI_complete.sdf aggregeren · Wegvalt stappen in het lezen van de SD-file data block · Bumped versie, om duidelijk te maken dit is niet de 1.2.3 versie · Vast registratie op de cdk.threadnonsage tag (sluit # 2.796.362) · Removed verouderd patroon van de oude svnrev tag · Vaste JavaDoc om sporen van de oude svnrev Tag verwijderen · Gesynchroniseerd uitzondering bericht met implementatie (fixes # 2.844.333) · De Pauling Elektronegativiteit wordt gekopieerd in configureren ook. Ik zie niet in waarom niet alles hebben we te kopiëren. · Toegevoegd bug annotatie · Testcase voor bug # 2846213 · Vaste waarneming van N.planar3 waarbij N.sp2 werd gedetecteerd, inmiddels rekening houdend met de opgegeven waterstof tellen. · Vaste waarneming van benzeen met alle enkelvoudige binding, maar waterstof aantal 1 bindingen en aromatische gemarkeerd. In dit geval is het type C.sp2 niet C.sp3. · Toegevoegd beweringen unit test voor de waarden zijn niet null · Toegevoegd twee unit tests voor hetzelfde probleem: koolstofatoom types zijn niet goed gezien als bond order info is alleen SINGLE, en waterstof tellen en aromaticiteit vlag is ingesteld. · Verplaatst klas in een org.openscience.cdk pakket, dat lijkt nu aan het werk. Ik ben verbaasd waarom het niet eerder. Opgelost verschillende unit test mislukt. · Merge branch 'cdk-1.2.x' van ssh: //egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk in cdk-1.2.x · Niet afgedichte de XOM pot, zodat het hebben van de CustomSerializer · Vaste javadocs fout · Bevestigde een verkeerde javadoc tag. Ook verwijderd svn tag in de SMARTS parser JJT bestand vervangen door git tag · Ondersteuning toegevoegd voor 'public enum's · Gecorrigeerd bug in bondtools.isStereo (IAtomContainer container, IAtom stereoAtom). Een vergelijking van atoom symbolen in een geneste lus is met de teller van de buitenste lus tweemaal. Let op het werkte voor, want er is een soort van terugval naar Morgan nummers. terugval naar morgan (fixes # 2.830.287) · Voegde een nieuwe test voor bondtools · Vaste inconsistentie tussen accepteert () en schrijven: ondersteunen ook het schrijven van IAtomContainerSet en IAtomContainer als accepteert () geeft (fixes # 2.827.745) · Algemene test voor het testen van de consistentie tussen write () en aanvaardt (), het testen van dat alle geaccepteerde IChemObject's ook kan worden geschreven · Toegevoegd unit test voor bug # 2826961: inconsistent atoom typen voor twee glimlacht. Unit test niet tonen een falen, het uitsluiten van een CDK bug · Verwijder foutieve worpen statement · Bug gevonden berekening van de exacte massa bepaald een molecuulformule als het negatief geladen. · Vaste lezen van de cdk / dict / data / elements.owl gegevensbestand dat nu in UIL · Vaste kwestie 2458210: gebruik assertNotNull (foo) etc in plaats van assertTrue (foo = null!). · Toegevoegd minimum equivalenten voor BondManipulator.getMaximumBondOrder () methodes · Fixes beweert: na verwijdering * geen * verandering moet worden geregistreerd · Toegevoegde IO optie om te schakelen generator van XML verklaring verklaringen in de output CML. · Toegevoegd generieke geneesmiddelen, en consistified code door altijd terugsturen van een lijst van hetzelfde '?'. (En sommige 80 tekens fixes in de javadocs.) · Toegevoegd unit tests om te testen dat wanneer een Set is van een ChemModel verwijderd is, moet de ChemModel afmelden als luisteraar. · Toegevoegd unit tests voor event propagatie van Stelt aan ChemModel. · Meer testen van vlaggen. · Fix voor junior job id: testmethoden moeten slechts één uitzondering te gooien. · Vaste import vermist en verpakt tot 80 tekens Beter excpetion behandeling in builder3d: · Vaste feuilleton IAtom is met null formele lading niet oorzaak NullPointerExceptions · Toegevoegd unit test voor serialisatie van null formele aanklacht in de MDL molfile formaat (die op dit moment niet in slaagt) · Bijgewerkt javadocs voor SMARTS query tool om niet-ondersteunde functies aan te geven · Opgeruimd bronbestand valse regeleinden verwijderen

De Chemistry Development Kit Gerelateerde software