EKSTER Een op Java gebaseerd uitgebreid project dat de DNA-eigenschappen en eiwitsequenties bestudeert
Download nu

EKSTER Rangschikking & Samenvatting

EKSTER Tags

eiwit studie DNA eiwitsequentie DNA DNA-presentatie

EKSTER Beschrijving

Een op java gebaseerd uitgebreid project dat de DNA-eigenschappen en eiwitsequenties bestudeert Ekster of de multifunctionele geautomatiseerde genoomprojectonderzoeksomgeving is een softwarebundel voor de geautomatiseerde presentatie van DNA- en eiwitsequenties. Informatie over de coderende waarschijnlijkheid van een ORF wordt weergegeven als een set van 6 attributen. Deze informatie wordt verstrekt in de Contig Graphics en in de ORF-informatielijn op de groene pagina. De eerste drie attributen fac weerspiegelen berekenbare eigenschappen van de reeks, terwijl PDM beschrijft hoeveel extern bewijs (via database-zoekopdrachten) hebben we over de functie van de reeks. Hoe meer blauw (niveau 1) in de doos, hoe waarschijnlijker de ORF is echt een coderingssequentie. · F: (ja / nee) Brengt de potentiële coderingssequentie geschikt voor het gebruiksprofiel van dit organisme (met behulp van een 99% -vertrouwen Chi-vierkante goedheid van FIT-test) · A: (ja / nee) is de A + G% van de reeks > 50%, kenmerk van coderende sequentie in vele organismen · C: (niveau 1, 2, 3 of 4) Wat is het niveau van G + C-compensatie in de tweede en derde codon-posities? De meeste organismen volgen een patroon op G + C-gehalte die hoger is in de derde 'waggle'-positie. · P: (niveau 1,2 of 3) geeft het beste bewijsmateriaal aan dat we hebben die bestaan uit een proteïne-level match (bijv. Tegen genpept of eiwitniveau mRNA / cDNA-hit. · D: (niveau 1, 2 of 3) Geeft het beste niveau van bewijsmateriaal aan dat we hebben die bestaan uit wedstrijden aan DNA-sequenties bij het DNA-niveau van vergelijking (bijv. Zoeken tegen GenBank) · M: (Niveau 1, 2 of 3) geeft het beste bewijsmateriaal aan dat we bestaan van wedstrijden aan eiwit gezinnen (bijv. PFAM) of bekende bindingsplaatspatronen (Prosite) -vereisten: · Java

EKSTER Gerelateerde software