Geïreerd functiesysteem Visualiseer eenvoudig grote genomomen
Download nu

Geïreerd functiesysteem Rangschikking & Samenvatting

Geïreerd functiesysteem Tags

visie visualisator genoom view genoom genoom kijker genoom-visualizer

Geïreerd functiesysteem Beschrijving

Visualiseer eenvoudig grote genomes Hartelijk functiesysteem is een gratis en gemakkelijk te gebruiken tool voor visualisatie van grote genomes door Chaos Game Vertaling CGR (Jeffrey 1990). CGR verandert DNA-sequentie naar het gekleurde afbeelding (figuur aan de rechterkant). Elke pixel komt overeen met een korte sequentie van n-symbolen genaamd N-Mer. Kleur van pixel weerspiegelt N-Mer-frequentie in de geanalyseerde sequentie. De hoofdparameter van visualisatie, d.w.z. regio in genoom die wordt gebruikt bij visualisatie wordt bestuurd door schuifregelaar in de bovenkant van het venster. Gebruiker kan de regio rechtstreeks opgeven door de startpositie en lengte in te voeren of het gebruik van de schuifregelaar om de regio snel door het genoom te verplaatsen. De werkelijke positie en de lengte van de regio wordt weergegeven in de schuifregelaar als een rode balk met bijbehorende maat .Gebank-formaat kan een specificatie van genomische kenmerken omvatten, zoals genen, mRNA, enz. Deze worden geëxtraheerd uit het invoerbestand en vermeld in de functies onderdeel van venster. Nadat een gebruikersfunctie is weergegeven, wordt de beschrijving in het juiste gedeelte weergegeven. De knop Visualize kan worden gebruikt om de geselecteerde functie onmiddellijk te visualiseren. Hierdoor kunnen wij eenvoudig belangrijke genoom worden geanalyseerd door een enkele klik. Geblindeparameters van visualisatie worden vermeld in Section Visualisation-instellingen. Kleurbereik, d.w.z. transformatie van oligomeerfrequentie tot kleur Heatmap kan worden aangepast. Minimale waarde wordt weergegeven in blauw en maximum in rode kleur. Wanneer automatische aanpassing van kleurbereik wordt gekozen, wordt de maximale waarde altijd opnieuw berekend om het meest voorkomende oligomeer in rode kleur weer te geven. De hoogte van oligomeren met lage en hoge frequentie kan tegelijkertijd worden bereikt door logaritmische schaal van kleurwarmamap, d.w.z. log (telling) wordt toegepast op tegenwaarde.

Geïreerd functiesysteem Gerelateerde software