JCAT
Download nu

JCAT Rangschikking & Samenvatting

JCAT Tags

volgorde aanpassen sequentieanalyse Pas Codon Usagre aan organisme-sequentie Gebruik van codon

JCAT Beschrijving

Past het Codon-gebruik aan om uitgeroepende prokaryote organismen JCAT is een gratis programma dat een eenvoudige methode presenteert om het Codon-gebruik aan te passen aan de meeste gesequenced prokaryote organismen en geselecteerde eukaryote organismen. De Codon-aanpassing speelt een belangrijke rol in gevallen waarin buitenlandse genen worden uitgedrukt in gastheren en het gebruik van de codon van de gastheer verschilt van die van het organisme waar het gen van komt. Niet-gecorrigeerde codons in de gastheer kunnen bijvoorbeeld leiden tot een kleine expressatiepercentage. De aanpassing is gebaseerd op CAI-waarden voorgesteld door PM SHARP ET.AL. De CAI-waarden werden berekend door een algoritme van een CARBONE ET aan te brengen. al. De eukaryote genomomen van de muis en de mens bevatten verschillende soorten vooroordelen langs de chromosomen en het algoritme is niet perfect geschikt voor dit probleem. Resultaten op dit gebied moeten met zorg worden behandeld. Het gemiddelde codongebruik voor een bepaald organisme was geduurd door over alle CAI-waarden van alle genen van dit organisme (behalve genen zonder een aminozuursequentie, b.v. rnas) door het aantal genen. Deze gegevens worden ook gepresenteerd in de grafische uitgang van de aanpassing van de Codon. Vereisten: · Java 1.4 of later

JCAT Gerelateerde software