Jaligner Het Smith-Waterman-algoritme geïmplementeerd in Java voor biologische lokale koppelingsuitlijning
Download nu

Jaligner Rangschikking & Samenvatting

Jaligner Tags

volgorde uitlijnen uitlijner sequentie aligner uitlijnen van de reeks Sequence-uitlijning

Jaligner Beschrijving

Het Smith-Waterman-algoritme geïmplementeerd in Java voor biologische lokale koppelingsuitlijning Jaligner is een open source Java-implementatie van het Smith-Waterman-algoritme met Goth's verbetering voor biologische lokale paarse reeks uitlijning met het Affine Gap-strafmodel. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Jaligner": · De complexiteit van de ruimte om de dynamische programmering uit te voeren met de belangrijkste gelijkenisscores Matrix en de 2 hulpkloegmatrices worden verlaagd van O (m? N) naar O (n), waarbij M en N de grootte van de verticale sequentie en horizontale sequentie zijn respectievelijk, door gebruik te maken van voldoende single-dimensionale arrays van grootte n in plaats van de originele tweedimensionale reeksen van maat M? N. · De tweedimensionale reeks maat M? N, voor het vasthouden van de Traceback-aanwijzingen (diagonaal, links, omhoog en stop), wordt in een single-dimensionale reeks grootte M? N toegewezen. Deze aanpak versnelt het proces van geheugentoewijzing, omdat de Java-virtuele machine (JVM) probeert een enkele dimensionale reeks van m? N "bytes" (primitief gegevenstype) toe te wijzen, in plaats van een array van M "-objecten" toe te wijzen , elk van welke een "array" van n bytes is. · Naast de al inbegrepen 70 scoringsmatrices, die zijn opgehaald van de NCBI-site, werkt Jaligner ook met door de gebruiker gedefinieerde scoringsmatrices. · Het is gemakkelijk om Jaligner te gebruiken via een vriendelijke grafische gebruikersinterface (GUI), eenvoudige opdrachtregel-syntaxis of herbruikbare programmeerinterface (API).

Jaligner Gerelateerde software