Jalview Een gratis meerdere uitlijningsredacteur geschreven in Java
Download nu

Jalview Rangschikking & Samenvatting

Jalview Tags

visie ophalen Bewerk alignment-editor eiwitviewer Sequentie-fetcher

Jalview Beschrijving

Een gratis meerdere uitlijningsredacteur geschreven in Java Jalview is een open source-tool die op grote schaal wordt gebruikt in verschillende webpagina's (bijvoorbeeld de EBI Clustalw-server en de PFAM-eiwitdomeindatabase), maar is verkrijgbaar als algemene uitlijningseditor van het algemene doel. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "JALVIEW": Gebruikersomgeving: · Gelinkte markering van codon en aminozuur uit vertaling en eiwitproducten · Gelinkte markering van structuur geassocieerd met residu-inrichting naar codon-positie · Volgorde Fetcher biedt voorbeeldtoetsennummers en 'Clear' -knop · MemoryMonitor toegevoegd als een optie onder de gebruiksmenu van de Desktop · Extract-score-functie om witspace te ontleden, gescheiden numerieke gegevens in de beschrijvingslijn · Kolomlabels in uitlijningannotatie kunnen gecentreerd worden. · Tooltip voor sequentie bijbehorende annotatie Geef de naam van de reeks Webservices en URL-ophalen: · JPRED3 WEB SERVICE · Prototype Sequence Search Client (nog geen openbare diensten beschikbaar) · Ophalen van zaaduitlijning of volledige uitlijning van PFAM · URL-koppelingen gemaakt voor bijpassende database-kruisverwijzingen, evenals sequentie-ID · URL-koppelingen kunnen worden gemaakt met behulp van reguliere uitdrukkingen Sequence Database Connectivity: · Ophalen van bekledingssequenties uit andere databases · Gegeneraliseerde database referentie-ophalen en validatie naar alle halenbare databases · Fetch-sequenties van DAS-bronnen die de opdracht sequence ondersteunen · Importeer en exporteert u annotatierrijen als CSV voor de import van spreadsheet · Jalview Projects Record Uitlijning Dataset-associaties, EMBL-producten en cDNA-sequentiemadingen · Volgorde groepskleur kan worden opgegeven in annotatiebestand · Ad-hoc kleuring van groep in annotatiebestand met RGB-triplet als naam van Colourscheme · VAMSAS-klantmogelijkheden (experimenteel) · Treenode-binding voor VAMSAS Tree Exchange · Lokale bewerking en update van sequenties in VAMSAS-uitlijningen (experimenteel) · Maak een nieuwe of selecteer de bestaande sessie om lid te worden · Laden en opslaan van VAMSAS-documenten Toepassingsopdrachtregel: · Boomparameter om bomen te openen (geïntroduceerd voor het passeren van applet) · FetchFrom-opdrachtregelargument om bijnamen van DAS-servers op te geven voor query voor uitlijningsfuncties · Dasserver-opdrachtregelargument om nieuwe servers toe te voegen die ook automatisch worden opgevraagd voor functies · Groovy-opdrachtregelargument voert een gegeven Groovy-script uit nadat alle invoergegevens zijn geladen en geparseerd Applet-applicatiegegevensuitwisseling: · Bomen die zijn doorgegeven als Applet-parameters kunnen worden doorgegeven aan toepassing (bij gebruik van "weergave in volledige toepassing") Applet-parameters: · Feature Group Display Control-parameter · Debug parameter · Parameter Showbutton APPLET API-METHODEN: · Newview openbare methode · Window (Huidige weergave) Specifieke krijg / set openbare methoden · Feature Display Control-methoden · Krijg een lijst met momenteel geselecteerde sequenties Nieuwe Jalview Distribution Functies: · Installatie-installatie-installatie is geüpgraded naar IA 2008 VP1 · Ontgrendelbestand geeft build-eigenschappen voor de nieuwste Jalview-release. · JAVA 1.1 APPLET BOUW MAAKT MAAK MAAKT EN DONOTOBFUCATE GEBRUIKERSOPBEREIDINGEN DIE DE UITVOERING VAN OBFUCATOR IS · Bouw het doelwit voor het genereren van bronverdeling · Vlag debug voor Javacc · .Jalview_properties-bestand is gedocumenteerd (enigszins) in Jalview.bin.cache · Continue build-integratie voor stabiele en ontwikkelingsversie van toepassing, Vereisten: · Java

Jalview Gerelateerde software