Jpredictor Een vrij en veelzijdig hulpmiddel voor de voorspelling van CIS-regulerende elementen
Download nu

Jpredictor Rangschikking & Samenvatting

Jpredictor Tags

voorspellen cis voorspeller cis-element voorspellen CIS-voorspelling cis voorspeller

Jpredictor Beschrijving

Een vrij en veelzijdig hulpmiddel voor de voorspelling van CIS-regulerende elementen JPREDICTOR wordt gebruikt voor het definiëren van motieven, die ze op sequenties, weigingsmotieven gebruiken met behulp van trainingssets en scoringsequenties met behulp van de gewogen MOTIFS.Short sequentiegrollen, namelijk transcriptiefactor bindingsplaatsen, is bekend dat ze worden verrijkt en geclusterd in dergelijke elementen. Deze bindingsplaatsen worden weergegeven als motieven en voor de voorspelling, ze moeten bekend zijn. Het gebruik van deze motieven is het mogelijk om ze teweeg te stellen door een positieve of negatieve trainingsset (respectievelijk model of achtergrond) toe te passen, om ze op sequenties te doorzoeken en om een reeks te scoren .Geenregulatie is het proces waardoor een organisatie-effecten ruimtelijk en temporele verschillen in genexpressieniveaus. Kennis van CIS-regulatorische elementen, aangezien de belangrijkste spelers in genverordening onmisbaar zijn voor het begrip van de laatste en de ontwikkeling van organismen. De voorspelling is gebaseerd op clusters van individuele motieven en willekeurige combinaties hiervan in meermotieven met selecteerbare minimale en maximale afstanden. Individuele motieven kunnen van heterogene klassen zijn, zoals eenvoudige sequentiemotieven of positie-specifieke scoringsmatrices. Cluster-scores worden gewogen voorkomen voor meerdere motieven, waar de gewichten zijn afgeleid van positieve en negatieve trainingssets. Vereisten: · Java 1.5 of later Wat is er nieuw in deze release: · De nieuwe parameter 'SearchDirection' toegevoegd voor multimotives gedefinieerd via optie-bestanden · Een fout opgelost met platte triple- en hogere orde motieven rapporteren aan enkele hits; Deze fout gebeurde zelden, maar regelmatig en treedt niet op voor doublemotieven of niet-platte composiet-motiefs die verkeren van dubbele motieven, zoals (PHO-DSP1) - (PHO-DSP1)

Jpredictor Gerelateerde software